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shaohao011
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4
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BraTS2023_MET/test.txt ADDED
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29
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30
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31
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32
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34
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35
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37
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39
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40
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41
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42
+ BraTS-MET-00547-000
43
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110
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112
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142
+ BraTS-MET-00417-000
BraTS2023_MET/valid.txt ADDED
@@ -0,0 +1,23 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ BraTS-MET-00124-000
2
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3
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4
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9
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12
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23
+ BraTS-MET-00140-000
BraTS2023_PED/check_labels.py ADDED
@@ -0,0 +1,16 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ import SimpleITK as sitk
2
+ import glob
3
+ import os
4
+ import numpy as np
5
+ from collections import Counter
6
+
7
+ if __name__ == "__main__":
8
+ nii_dir = "../mri_datasets/BraTS2023_PED/BraTS2023-PED-Training"
9
+ seg_list = glob.glob(os.path.join(nii_dir, "*", "*-seg.nii.gz"))
10
+ label = []
11
+ for seg_path in seg_list:
12
+ seg = sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage(seg_path))
13
+ label += list(np.unique(seg))
14
+ print(Counter(label))
15
+
16
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724
+ ],
725
+ "label": "BraTS-PED-00085-000/BraTS-PED-00085-000-seg.nii.gz"
726
+ },
727
+ {
728
+ "image": [
729
+ "BraTS-PED-00006-000/BraTS-PED-00006-000-t1c.nii.gz",
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+ "BraTS-PED-00006-000/BraTS-PED-00006-000-t2w.nii.gz"
733
+ ],
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+ "label": "BraTS-PED-00006-000/BraTS-PED-00006-000-seg.nii.gz"
735
+ },
736
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737
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741
+ "BraTS-PED-00133-000/BraTS-PED-00133-000-t2w.nii.gz"
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+ ],
743
+ "label": "BraTS-PED-00133-000/BraTS-PED-00133-000-seg.nii.gz"
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745
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+ "BraTS-PED-00097-000/BraTS-PED-00097-000-t1c.nii.gz",
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751
+ ],
752
+ "label": "BraTS-PED-00097-000/BraTS-PED-00097-000-seg.nii.gz"
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+ },
754
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755
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+ ],
761
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762
+ },
763
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764
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765
+ "BraTS-PED-00052-000/BraTS-PED-00052-000-t1c.nii.gz",
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+ "label": "BraTS-PED-00052-000/BraTS-PED-00052-000-seg.nii.gz"
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773
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777
+ "BraTS-PED-00127-000/BraTS-PED-00127-000-t2w.nii.gz"
778
+ ],
779
+ "label": "BraTS-PED-00127-000/BraTS-PED-00127-000-seg.nii.gz"
780
+ },
781
+ {
782
+ "image": [
783
+ "BraTS-PED-00086-000/BraTS-PED-00086-000-t1c.nii.gz",
784
+ "BraTS-PED-00086-000/BraTS-PED-00086-000-t1n.nii.gz",
785
+ "BraTS-PED-00086-000/BraTS-PED-00086-000-t2f.nii.gz",
786
+ "BraTS-PED-00086-000/BraTS-PED-00086-000-t2w.nii.gz"
787
+ ],
788
+ "label": "BraTS-PED-00086-000/BraTS-PED-00086-000-seg.nii.gz"
789
+ },
790
+ {
791
+ "image": [
792
+ "BraTS-PED-00110-000/BraTS-PED-00110-000-t1c.nii.gz",
793
+ "BraTS-PED-00110-000/BraTS-PED-00110-000-t1n.nii.gz",
794
+ "BraTS-PED-00110-000/BraTS-PED-00110-000-t2f.nii.gz",
795
+ "BraTS-PED-00110-000/BraTS-PED-00110-000-t2w.nii.gz"
796
+ ],
797
+ "label": "BraTS-PED-00110-000/BraTS-PED-00110-000-seg.nii.gz"
798
+ },
799
+ {
800
+ "image": [
801
+ "BraTS-PED-00121-000/BraTS-PED-00121-000-t1c.nii.gz",
802
+ "BraTS-PED-00121-000/BraTS-PED-00121-000-t1n.nii.gz",
803
+ "BraTS-PED-00121-000/BraTS-PED-00121-000-t2f.nii.gz",
804
+ "BraTS-PED-00121-000/BraTS-PED-00121-000-t2w.nii.gz"
805
+ ],
806
+ "label": "BraTS-PED-00121-000/BraTS-PED-00121-000-seg.nii.gz"
807
+ },
808
+ {
809
+ "image": [
810
+ "BraTS-PED-00128-000/BraTS-PED-00128-000-t1c.nii.gz",
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812
+ "BraTS-PED-00128-000/BraTS-PED-00128-000-t2f.nii.gz",
813
+ "BraTS-PED-00128-000/BraTS-PED-00128-000-t2w.nii.gz"
814
+ ],
815
+ "label": "BraTS-PED-00128-000/BraTS-PED-00128-000-seg.nii.gz"
816
+ },
817
+ {
818
+ "image": [
819
+ "BraTS-PED-00104-000/BraTS-PED-00104-000-t1c.nii.gz",
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821
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822
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823
+ ],
824
+ "label": "BraTS-PED-00104-000/BraTS-PED-00104-000-seg.nii.gz"
825
+ },
826
+ {
827
+ "image": [
828
+ "BraTS-PED-00051-000/BraTS-PED-00051-000-t1c.nii.gz",
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832
+ ],
833
+ "label": "BraTS-PED-00051-000/BraTS-PED-00051-000-seg.nii.gz"
834
+ },
835
+ {
836
+ "image": [
837
+ "BraTS-PED-00096-000/BraTS-PED-00096-000-t1c.nii.gz",
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839
+ "BraTS-PED-00096-000/BraTS-PED-00096-000-t2f.nii.gz",
840
+ "BraTS-PED-00096-000/BraTS-PED-00096-000-t2w.nii.gz"
841
+ ],
842
+ "label": "BraTS-PED-00096-000/BraTS-PED-00096-000-seg.nii.gz"
843
+ },
844
+ {
845
+ "image": [
846
+ "BraTS-PED-00109-000/BraTS-PED-00109-000-t1c.nii.gz",
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849
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850
+ ],
851
+ "label": "BraTS-PED-00109-000/BraTS-PED-00109-000-seg.nii.gz"
852
+ },
853
+ {
854
+ "image": [
855
+ "BraTS-PED-00132-000/BraTS-PED-00132-000-t1c.nii.gz",
856
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857
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858
+ "BraTS-PED-00132-000/BraTS-PED-00132-000-t2w.nii.gz"
859
+ ],
860
+ "label": "BraTS-PED-00132-000/BraTS-PED-00132-000-seg.nii.gz"
861
+ },
862
+ {
863
+ "image": [
864
+ "BraTS-PED-00025-000/BraTS-PED-00025-000-t1c.nii.gz",
865
+ "BraTS-PED-00025-000/BraTS-PED-00025-000-t1n.nii.gz",
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868
+ ],
869
+ "label": "BraTS-PED-00025-000/BraTS-PED-00025-000-seg.nii.gz"
870
+ },
871
+ {
872
+ "image": [
873
+ "BraTS-PED-00055-000/BraTS-PED-00055-000-t1c.nii.gz",
874
+ "BraTS-PED-00055-000/BraTS-PED-00055-000-t1n.nii.gz",
875
+ "BraTS-PED-00055-000/BraTS-PED-00055-000-t2f.nii.gz",
876
+ "BraTS-PED-00055-000/BraTS-PED-00055-000-t2w.nii.gz"
877
+ ],
878
+ "label": "BraTS-PED-00055-000/BraTS-PED-00055-000-seg.nii.gz"
879
+ },
880
+ {
881
+ "image": [
882
+ "BraTS-PED-00140-000/BraTS-PED-00140-000-t1c.nii.gz",
883
+ "BraTS-PED-00140-000/BraTS-PED-00140-000-t1n.nii.gz",
884
+ "BraTS-PED-00140-000/BraTS-PED-00140-000-t2f.nii.gz",
885
+ "BraTS-PED-00140-000/BraTS-PED-00140-000-t2w.nii.gz"
886
+ ],
887
+ "label": "BraTS-PED-00140-000/BraTS-PED-00140-000-seg.nii.gz"
888
+ },
889
+ {
890
+ "image": [
891
+ "BraTS-PED-00070-000/BraTS-PED-00070-000-t1c.nii.gz",
892
+ "BraTS-PED-00070-000/BraTS-PED-00070-000-t1n.nii.gz",
893
+ "BraTS-PED-00070-000/BraTS-PED-00070-000-t2f.nii.gz",
894
+ "BraTS-PED-00070-000/BraTS-PED-00070-000-t2w.nii.gz"
895
+ ],
896
+ "label": "BraTS-PED-00070-000/BraTS-PED-00070-000-seg.nii.gz"
897
+ }
898
+ ]
899
+ }
BraTS2023_PED/gen_txt.py ADDED
@@ -0,0 +1,14 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ import json
2
+ import os
3
+
4
+ with open("../mri_datasets/BraTS2023_PED/dataset_BraTS2023_PED_ds.json",'r') as fr:
5
+ data = json.load(fr)
6
+ train_list = [os.path.split(x["image"][0])[0]+'\n' for x in data["training"]]
7
+ valid_list = [os.path.split(x["image"][0])[0]+'\n' for x in data["validation"]]
8
+ test_list = [os.path.split(x["image"][0])[0]+'\n' for x in data["test"]]
9
+ with open("../mri_datasets/BraTS2023_PED/train.txt",'w') as fw:
10
+ fw.writelines(train_list)
11
+ with open("../mri_datasets/BraTS2023_PED/valid.txt",'w') as fw:
12
+ fw.writelines(valid_list)
13
+ with open("../mri_datasets/BraTS2023_PED/test.txt",'w') as fw:
14
+ fw.writelines(test_list)
BraTS2023_PED/test.txt ADDED
@@ -0,0 +1,31 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ BraTS-PED-00081-000
2
+ BraTS-PED-00118-000
3
+ BraTS-PED-00129-000
4
+ BraTS-PED-00125-000
5
+ BraTS-PED-00139-000
6
+ BraTS-PED-00080-000
7
+ BraTS-PED-00108-000
8
+ BraTS-PED-00037-000
9
+ BraTS-PED-00123-000
10
+ BraTS-PED-00136-000
11
+ BraTS-PED-00009-000
12
+ BraTS-PED-00085-000
13
+ BraTS-PED-00006-000
14
+ BraTS-PED-00133-000
15
+ BraTS-PED-00097-000
16
+ BraTS-PED-00135-000
17
+ BraTS-PED-00052-000
18
+ BraTS-PED-00127-000
19
+ BraTS-PED-00086-000
20
+ BraTS-PED-00110-000
21
+ BraTS-PED-00121-000
22
+ BraTS-PED-00128-000
23
+ BraTS-PED-00104-000
24
+ BraTS-PED-00051-000
25
+ BraTS-PED-00096-000
26
+ BraTS-PED-00109-000
27
+ BraTS-PED-00132-000
28
+ BraTS-PED-00025-000
29
+ BraTS-PED-00055-000
30
+ BraTS-PED-00140-000
31
+ BraTS-PED-00070-000
BraTS2023_PED/train.txt ADDED
@@ -0,0 +1,59 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ BraTS-PED-00167-000
2
+ BraTS-PED-00142-000
3
+ BraTS-PED-00124-000
4
+ BraTS-PED-00057-000
5
+ BraTS-PED-00008-000
6
+ BraTS-PED-00131-000
7
+ BraTS-PED-00170-000
8
+ BraTS-PED-00020-000
9
+ BraTS-PED-00083-000
10
+ BraTS-PED-00024-000
11
+ BraTS-PED-00107-000
12
+ BraTS-PED-00060-000
13
+ BraTS-PED-00098-000
14
+ BraTS-PED-00039-000
15
+ BraTS-PED-00050-000
16
+ BraTS-PED-00102-000
17
+ BraTS-PED-00003-000
18
+ BraTS-PED-00101-000
19
+ BraTS-PED-00040-000
20
+ BraTS-PED-00079-000
21
+ BraTS-PED-00004-000
22
+ BraTS-PED-00067-000
23
+ BraTS-PED-00010-000
24
+ BraTS-PED-00036-000
25
+ BraTS-PED-00112-000
26
+ BraTS-PED-00113-000
27
+ BraTS-PED-00023-000
28
+ BraTS-PED-00084-000
29
+ BraTS-PED-00072-000
30
+ BraTS-PED-00032-000
31
+ BraTS-PED-00115-000
32
+ BraTS-PED-00061-000
33
+ BraTS-PED-00138-000
34
+ BraTS-PED-00063-000
35
+ BraTS-PED-00114-000
36
+ BraTS-PED-00044-000
37
+ BraTS-PED-00069-000
38
+ BraTS-PED-00106-000
39
+ BraTS-PED-00130-000
40
+ BraTS-PED-00143-000
41
+ BraTS-PED-00062-000
42
+ BraTS-PED-00087-000
43
+ BraTS-PED-00046-000
44
+ BraTS-PED-00078-000
45
+ BraTS-PED-00134-000
46
+ BraTS-PED-00021-000
47
+ BraTS-PED-00122-000
48
+ BraTS-PED-00002-000
49
+ BraTS-PED-00116-000
50
+ BraTS-PED-00117-000
51
+ BraTS-PED-00137-000
52
+ BraTS-PED-00048-000
53
+ BraTS-PED-00103-000
54
+ BraTS-PED-00100-000
55
+ BraTS-PED-00119-000
56
+ BraTS-PED-00064-000
57
+ BraTS-PED-00111-000
58
+ BraTS-PED-00120-000
59
+ BraTS-PED-00019-000
BraTS2023_PED/valid.txt ADDED
@@ -0,0 +1,9 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
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2
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9
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ISLES2022/dataset_ISLES2022.json ADDED
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README.md ADDED
@@ -0,0 +1,3 @@
 
 
 
 
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+ license: mit
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