facts:
Faits :
A.
A._, ressortissant italien domicilié en Suisse, a obtenu un permis de conduire suisse en mai 2008. Ayant déménagé en France, il s'est vu délivrer le 15 mai 2009 un permis de conduire français en échange de son permis de conduire suisse.
De retour en Suisse, A._ a rempli le 21 septembre 2012 une déclaration de perte de son permis de conduire suisse et sollicité un nouveau permis que le Service cantonal des automobiles et de la navigation de la République et canton de Neuchâtel lui a délivré sous la forme d'un duplicata en date du 28 septembre 2012.
A la suite d'une dénonciation anonyme l'informant que le permis de conduire français de A._ n'était plus valable, le Service cantonal des automobiles et de la navigation a révoqué, en date du 14 février 2013, le permis de conduire suisse de l'intéressé qu'il estimait avoir délivré à tort. Il a subordonné la restitution du droit de conduire à la réussite des examens usuels, après obtention d'un permis d'élève-conducteur. A la demande de A._, il a annulé sa décision et entrepris des démarches auprès des autorités françaises afin d'obtenir des informations complémentaires concernant le permis de conduire français et la validité de ce document.
Par courrier du 8 mars 2013, le Chef du Service du fichier national des permis de conduire de la République française a précisé qu'à la suite d'infractions commises sur le territoire français, le permis de conduire français de A._ obtenu par échange de son permis de conduire suisse était dépourvu de toute validité " puisque invalidé pour solde de points nul " depuis le 29 juin 2012 et que l'intéressé n'était donc pas, à ce jour, titulaire d'un permis de conduire français.
Par décision du 30 mai 2013, le Service cantonal des automobiles et de la navigation a révoqué le permis de conduire délivré le 28 septembre 2012 à A._. Il a subordonné la restitution du droit de conduire sur le territoire suisse à la présentation d'un permis de conduire français national valable ou à la réussite des examens usuels de conduite.
Le Département du développement territorial et de l'environnement de la République et canton de Neuchâtel a confirmé cette décision sur recours de l'intéressé en date du 16 janvier 2014.
Statuant par arrêt du 30 septembre 2015, la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par A._ contre la décision du Département.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité judiciaire cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert l'assistance judiciaire gratuite.
Le Service cantonal des automobiles et de la navigation, la Cour de droit public et l'Office fédéral des routes concluent au rejet du recours. Le Département du développement territorial et de l'environnement propose également de le rejeter dans la mesure où il est recevable.

considerations:
Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives prises en lien avec le permis de conduire. Aucun motif d'exclusion au sens de l'art. 83 LTF n'entre en considération. Déposé en temps utile par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation de celui-ci, le présent recours est recevable au regard des art. 89 al. 1 et 100 al. 1 LTF.
2.
En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, les mémoires de recours doivent être motivés. Selon l'art. 42 al. 2 LTF, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245). Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF). Le recourant doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, il doit citer les dispositions du droit cantonal dont il se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (<ref-ruling> consid. 2.8 p. 494). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 p. 215). Il doit par ailleurs exister un lien entre la motivation et la décision litigieuse. Lorsque le mémoire de recours consiste à reprendre mot pour mot devant le Tribunal fédéral la même motivation que celle présentée devant l'instance inférieure, un tel lien fait défaut et le recours est inadmissible sous l'angle des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 246). Il en va de même lorsque le recourant se borne à renvoyer aux motifs de recours évoqués dans son recours cantonal (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400). Cette jurisprudence s'applique également aux recours en matière de droit public formés contre des mesures administratives prises dans le domaine de la circulation routière (arrêt 1C_192/2013 du 9 janvier 2014 consid. 3).
3.
Le recourant conteste la reconstruction des faits telle que la cour cantonale l'a retenue. Il lui reproche d'avoir admis sans preuve qu'il avait échangé son permis de conduire suisse contre un permis de conduire français et dénonce une violation du principe in dubio pro reo. Il n'aurait jamais parlé d'échange, mais il aurait uniquement demandé aux autorités françaises la régularisation de sa situation. Celles-ci n'auraient pas été en mesure de lui dire si son permis de conduire suisse avait été déposé ni de confirmer ou d'exclure que ce document se trouverait dans leur dossier. Le Service cantonal des automobiles et de la navigation aurait pu requérir de son homologue français une prise de position formelle pour clarifier ce point, ce qu'il n'a pas fait en violation de son droit d'être entendu. Dans l'ignorance du sort du permis de conduire suisse, le doute devait lui profiter.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Le recourant ne peut critiquer la constatation de faits qui importent pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 97 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62), ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF, respectivement de l'art. 106 al. 2 LTF.
Le recourant se borne sur ce point à reprendre mot pour mot les arguments qu'il avait fait valoir dans son recours cantonal. Un tel procédé est inadmissible au regard de la jurisprudence citée au considérant précédent. Le grief tiré de la violation du principe in dubio pro reo, évoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral, n'est pas mieux motivé. Le Service cantonal des automobiles et de la navigation s'est adressé à son homologue français qui a confirmé avoir délivré un permis de conduire français en échange d'un permis de conduire suisse, ce qui est conforme à l'art. R.222-2 du Code de la route français. Le recourant ne prétend pas ni ne démontre que cette déclaration, émanant d'une autorité officielle, serait inexacte et ne correspondrait pas à la réalité. L'autorité cantonale n'avait aucune raison de la mettre en doute et de procéder à d'autres mesures d'instruction. En tant qu'il remet en cause les faits retenus dans l'arrêt attaqué et leur appréciation, le recours est mal fondé dans la mesure où il n'est pas irrecevable. Pour le surplus, le fait que le permis de conduire suisse soit introuvable est sans incidence sur l'issue du litige puisque ce document a perdu en tout état de cause sa validité de sorte que l'on ne saurait reprocher aux autorités cantonales de ne pas avoir instruit ce point.
4.
Le recourant soutient que la dénonciation anonyme à l'origine de la procédure administrative ne constitue pas une base suffisante pour justifier la révocation de son permis de conduire suisse et demande qu'elle soit écartée du dossier avec ses annexes.
La cour cantonale a refusé de donner suite à cette requête. Elle a rappelé que la dénonciation était une procédure non contentieuse, par laquelle n'importe quel administré pouvait attirer l'attention d'une autorité hiérarchiquement supérieure sur une situation de fait ou de droit qui justifierait une intervention de l'Etat dans l'intérêt public, qui était possible dans toute matière où l'autorité pourrait intervenir d'office (<ref-ruling> consid. 2 p. 471). Tel était le cas du Service cantonal des automobiles et de la navigation selon l'art. 14 de la loi neuchâteloise sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA). Par ailleurs, se fondant sur un avis de doctrine (THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n° 1441, p. 483), elle a admis que le caractère anonyme de la dénonciation n'empêchait pas l'autorité d'agir si un intérêt public prépondérant l'exige, par exemple en cas de danger pour la sécurité des personnes, comme cela était le cas du fait de circuler sans un permis de conduire valable.
Le recourant ne se prévaut d'aucune disposition fédérale ou cantonale qui interdirait aux autorités compétentes en matière de circulation routière de ne pas donner suite à des dénonciations anonymes. Il ne cherche pas davantage à démontrer en quoi la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire ou violé d'une autre manière le droit en admettant que la dénonciation anonyme dont il a fait l'objet ne faisait pas obstacle à ce que le Service cantonal des automobiles et de la navigation procède d'office aux investigations propres, le cas échéant, à établir qu'il n'avait pas délivré à tort un duplicata du permis de conduire pour des considérations d'intérêt public liées à la sécurité routière. Sur ce point également, le recours est insuffisamment motivé au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et doit être déclaré irrecevable.
5.
Le recourant conteste l'application à son cas de la Convention du 8 novembre 1968 sur la circulation routière (RS 0.741.10). Il soutient que le permis de conduire suisse qui lui a été délivré le 13 mai 2008 serait toujours valable au regard de l'art. 15c al. 1 de la loi fédérale sur la circulation routière (LCR; RS 741.01) et demande qu'il soit fait application de l'art. 16bis LCR pour juger des conséquences des infractions commises en France qui ont conduit à l'invalidation de son permis de conduire français.
La cour cantonale a écarté cette thèse au terme d'un raisonnement fondé sur une application des art. 42 et 44 de l'ordonnance réglant l'admission des personnes et des véhicules à la circulation routière (OAC; RS 741.51) que le recourant ne cherche pas à réfuter, se bornant à reprendre mot pour mot les arguments développés dans le recours qu'il avait formé devant l'autorité cantonale. Sur ce point, le recours ne répond manifestement pas aux exigences de motivation requises par la jurisprudence. Au demeurant, l'arrêt attaqué échappe à toute critique.
Toute personne qui obtient un permis de conduire en Suisse et qui ensuite transfère son domicile à l'étranger est soumise, à son retour en Suisse, aux prescriptions applicables aux conducteurs de véhicules automobiles en provenance de l'étranger. Selon l'art. 42 al. 1 let. a OAC, ces derniers ne peuvent conduire des véhicules automobiles en Suisse que s'ils sont titulaires d'un permis de conduire national valable. En l'espèce, il n'est pas contesté que le permis de conduire français que le recourant a obtenu le 15 mai 2009 en échange de son permis de conduire suisse a été invalidé pour solde de points nul. Quant au permis de conduire suisse délivré le 13 mai 2008, il a perdu sa validité à la suite de son échange avec le permis de conduire français. Le recourant ne pouvait ainsi prétendre obtenir un duplicata de son permis de conduire suisse. Le Service cantonal des automobiles et de la navigation n'a donc pas violé le droit fédéral en révoquant le permis de conduire suisse qu'il avait délivré à tort au recourant le 28 septembre 2012 et en subordonnant la restitution du droit de conduire alternativement à l'échange d'un permis de conduire français valable ou à la réussite d'un examen complet de conduite en Suisse.
6.
Le recourant dénonce enfin une violation du principe de célérité ancré aux art. 29 al. 1 Cst., 6 par. 1 CEDH et 14 ch. 3 du Pacte ONU II dès lors que plus de trois ans se sont écoulés entre la date à laquelle il aurait agi de manière contraire à la loi fédérale sur la circulation routière et celle à laquelle l'arrêt attaqué a été rendu. Il reproche à la Cour de droit public de ne pas s'être exprimée à ce sujet alors même qu'elle était confrontée à une procédure administrative qui avait déjà duré quelques ans avant qu'elle ne soit saisie du dossier et qu'elle a mis finalement presque deux ans pour statuer. Il demande à la Cour de céans de dire le droit sur cet aspect du dossier.
Au vu du dossier et de la jurisprudence, on ne saurait reprocher un quelconque retard à statuer au Service cantonal des automobiles et de la navigation et au Département de la gestion du territoire (arrêt 1C_486/2011 du 19 mars 2012 consid. 2.3.2). En revanche, treize mois environ se sont écoulés entre la fin de l'échange d'écritures intervenu le 1 er septembre 2014 et la reddition de l'arrêt attaqué. Un tel délai est excessif s'agissant d'un cas qui ne posait pas de questions de fait et de droit complexes (cf. <ref-ruling>; arrêt 1C_383/2009 du 30 mars 2010 consid. 3.4). Sur ce point, le recours est bien fondé. La violation du principe de célérité ne présente cependant pas une gravité suffisante pour justifier l'annulation de la révocation du permis de conduire prononcée à juste titre par les autorités cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 337; arrêt 1C_591/2012 du 28 juin 2013 consid. 4.3 in RtiD 2014 I p. 266). En revanche, il y a lieu de la constater dans le présent arrêt et d'en tenir compte dans la fixation des frais de justice dans le cadre de la procédure tant fédérale que cantonale (<ref-ruling> consid. 3 p. 337; arrêt 1C_192/2013 du 9 janvier 2014 consid. 4.1 et les arrêts cités).
7.
Le recours doit par conséquent être admis partiellement dans la mesure où il est recevable. Le droit du recourant d'être jugé dans un délai raisonnable n'ayant pas été respecté devant la dernière instance cantonale, il se justifie de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que les frais judiciaires pour la procédure devant le Tribunal cantonal sont réduits à 300 francs (au lieu de 770 francs) et mis à la charge du recourant. Etant donné les circonstances, il n'est pas perçu de frais judiciaires pour la procédure fédérale (art. 66 al. 1, 2 ème phrase, LTF).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. La violation du principe de célérité est constatée et le chiffre 3 du dispositif de l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les frais de procédure devant le Tribunal cantonal - réduits à 300 francs - sont mis à la charge du recourant.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service cantonal des automobiles et de la navigation, au Département du développement territorial et de l'environnement et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 14 avril 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Greffier :
Fonjallaz Parmelin


facts:
Sachverhalt:
A.
Die 1958 geborene A._, Mutter von vier 1981, 1985, 1987 und 1989 geborenen Kindern, meldete sich erstmals am 27. November 2006 bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle Luzern klärte insbesondere die medizinische und beruflich-erwerbliche Situation ab und verneinte mit Verfügung vom 7. September 2010 einen Rentenanspruch, nachdem sie die beruflichen Eingliederungsmassnahmen als abgeschlossen erachtete. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern (heute: Kantonsgericht Luzern) mit Entscheid vom 3. Oktober 2011 ab, was das Bundesgericht mit Urteil 8C_827/2011 vom 3. Februar 2012 bestätigte.
Mit erneuter Anmeldung zum Leistungsbezug am 3. November 2015 machte A._ eine wesentliche Verschlechterung des Gesundheitszustands geltend. Die Verwaltung trat auf das Leistungsbegehren nicht ein (Verfügung vom 9. Dezember 2016).
B.
Das Kantonsgericht Luzern wies die dagegen geführte Beschwerde mit Entscheid vom 5. April 2017 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, auf das neue Leistungsbegehren einzutreten.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

considerations:
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2.
2.1. Wurde eine Rente wegen eines zu geringen Invaliditätsgrads verweigert, so wird eine neue Anmeldung nur geprüft, wenn damit glaubhaft gemacht wird, dass sich der Grad der Invalidität in einer für den Anspruch erheblichen Weise geändert hat (Art. 87 Abs. 3 in Verbindung mit Abs. 3 IVV; <ref-ruling> E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen).
2.2. Mit dem Beweismass des Glaubhaftmachens sind herabgesetzte Anforderungen an den Beweis verbunden; die Tatsachenänderung muss nicht nach dem im Sozialversicherungsrecht sonst üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360) erstellt sein. Es genügt, dass für das Vorhandensein des geltend gemachten rechtserheblichen Sachumstands wenigstens gewisse Anhaltspunkte bestehen, auch wenn durchaus noch mit der Möglichkeit zu rechnen ist, bei eingehender Abklärung werde sich die behauptete Änderung nicht erstellen lassen (Urteile I 724/99 vom 5. Oktober 2001 E. 1c/aa, nicht publiziert in <ref-ruling>, aber in SVR 2002 IV Nr. 10; 8C_325/2016 vom 31. August 2016 E. 2.1).
2.3. Ob eine anspruchserhebliche Änderung nach <ref-law> glaubhaft gemacht ist, stellt eine vom Bundesgericht nur unter dem Blickwinkel von <ref-law> überprüfbare Tatfrage dar. Um eine Frage rechtlicher Natur handelt es sich hingegen, wenn zu beurteilen ist, wie hohe Anforderungen an das Glaubhaftmachen im Sinne von <ref-law> zu stellen sind (Urteil 8C_341/2011 vom 27. Juni 2011 E. 2.3 mit Hinweisen).
3.
3.1. Zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie das Nichteintreten der IV-Stelle auf die Neuanmeldung der Beschwerdeführerin bestätigte.
3.2.
3.2.1. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführerin sei im Zeitpunkt der Verfügung vom 7. September 2010 aus rheumatologischer Sicht des Dr. med. B._, FMH Rheumatologie und Innere Medizin, für eine leichte, wechselbelastende Beschäftigung ohne Zurücklegen längerer Gehstrecken, ohne andauerndes Stehen und ohne repetitive Überkopfarbeit oder sonstige Zwangshaltungen der Wirbelsäule als vollständig arbeitsfähig erachtet worden (Bericht vom 7. März 2008). In einer körperlich angepassten Tätigkeit habe sie dannzumal auch der psychiatrische Gutachter Dr. med. C._ als uneingeschränkt arbeitsfähig gesehen (Gutachten vom 15. August 2007).
3.2.2. Eine gesundheitliche Verschlechterung werde nun einzig hinsichtlich der langjährigen Rückenproblematik geltend gemacht. Der Vergleich der gesundheitlichen Situation bei Erlass der Verfügung vom 7. September 2010 mit jener im Zeitpunkt der Neuanmeldung zeige keine neuen Diagnosen, Befunde oder Funktionseinschränkungen. Das Rückenleiden in Form einer degenerativen Diskopathie L5/S1 mit spondylarthrotischer Antelisthesis L5 I sei zwischenzeitlich infolge unzureichender Ergebnisse einer Infiltrationstherapie operativ angegangen worden (Operationsbericht vom 13. Januar 2016). Im Anschluss an die Rehabilitationsphase habe die RAD-Ärztin Frau Dr. med. D._, FMH Allgemeinmedizin und Arbeitsmedizin, im Protokolleintrag vom 31. August 2016 darauf hingewiesen, die Schätzung einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit des Dr. med. E._, Facharzt FMH für Neurochirurgie, Neuro- und Wirbelsäulenzentrum Klinik F._, beruhe auf den rein subjektiven Beschwerdeangaben und nicht auf funktionellen Einschränkungen (Bericht vom 14. Juli 2016). Aus arbeitsmedizinischer Sicht sei diese nicht nachvollziehbar; die Operation sei erfolgreich und komplikationslos verlaufen und die Prognosen seien gut. Es bestünden keine objektivierten Funktionseinschränkungen oder radikulären Ausfälle. Es seien ihr daher weiterhin sämtliche früheren Tätigkeiten in den Bereichen Verkauf, Dekoration und Büro nach Abschluss der Rehabilitationsphase zumutbar. Gestützt hierauf schloss die Vorinstanz, dass nach der maximal acht Monate dauernden Rehabilitationszeit von einer vollen Leistungsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit auszugehen sei. Eine objektive Verschlechterung des Gesundheitszustands mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit sei nicht glaubhaft gemacht worden.
4.
4.1. Diese Sachverhaltsfeststellungen sind nicht offensichtlich unrichtig. Nicht stichhaltig ist der Einwand, neu habe Dr. med. E._ eine degenerative Diskopathie C5/6, C6/7 festgestellt, was die Vorinstanz nicht erkannt habe. Aus den Darlegungen des Dr. med. E._ ergibt sich nicht, dass die von ihm aufgeführten Bandscheibenveränderungen einen neuen Befund mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit darstellen. Auch der Verfügung vom 7. September 2010 lag aufgrund der Feststellungen des Dr. med. B._ ein chronisches rezidivierendes Schmerzsyndrom im Nacken-Schulter-Bereich vor. Dr. med. E._ umschrieb dies als chronisches rezidivierendes cervikovertebragenes und cervikozephales Beschwerdebild. Dass die Vorinstanz hierin keine anspruchsrelevante gesundheitliche Verschlechterung sah, ist nicht bundesrechtswidrig. Dies trifft ebenso auf die Feststellung zu, in Übereinstimmung mit der RAD-Ärztin Frau Dr. med. D._ sei von einer nachoperativen Rehabilitationsphase von acht Monaten mit gutem Heilungsverlauf und einer anschliessend vollständigen Arbeitsfähigkeit auszugehen. Dr. med. E._ habe sich in seinem Bericht vom 14. Juli 2016 einzig auf die subjektiven Schmerzangaben der Versicherten gestützt, um seine Einschätzung, aufgrund der Gesamtsituation an der Hals- und Lendenwirbelsäule sei die Versicherte "vorerst noch zu 100 % im Krankenstand", zu begründen. Objektiv feststellbare Beeinträchtigungen, die eine wesentliche Verschlechterung des Zustands glaubhaft machen würden, liegen mit diesen Angaben nicht vor. Das kantonale Gericht hat die Beweise pflichtgemäss und keineswegs willkürlich gewürdigt, indem es hinsichtlich der Frage, ob sich seit der letzten Verfügung vom 7. September 2010 eine wesentliche Verschlechterung des Gesundheitszustands eingestellt hat, der abschlägigen Antwort der RAD-Ärztin gefolgt ist. Mit der Rüge, Frau Dr. med. D._ verfüge als Allgemein- und Arbeitsmedizinerin über keinen entsprechenden Facharzttitel, um die Beschwerden an der Wirbelsäule zu beurteilen, verkennt die Beschwerdeführerin, dass die RAD-Ärztin keinen Untersuchungsbericht im Sinne von <ref-law> erstellte. Eines spezifischen Facharzttitels bedurfte sie deshalb vorliegend nicht, um den bestehenden medizinischen Sachverhalt zu würdigen (zur Aufgabe des RAD vgl. Art. 59 Abs. 2 und 2bis IVG; <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.3.2 S. 257; SVR 2011 IV Nr. 2 S. 7, 9C_904/2009 E. 2.2). Die Vorinstanz ist daher nicht in Willkür verfallen, wenn sie davon ausging, für die geltend gemachte Verschlechterung der Rückenproblematik sei kein medizinisches Korrelat aufgezeigt worden, weshalb die Beschwerdeführerin insgesamt keine relevante Veränderung glaubhaft habe vorbringen können.
4.2. Veränderte tatsächliche Verhältnisse begründete die Beschwerdeführerin ferner mit einem Statuswechsel von Teilerwerbstätigkeit mit Aufgabenbereich (Haushalt) zu Vollerwerbstätigkeit (100 %). Hierzu erkannte die Vorinstanz, ein solcher sei ebenfalls nicht glaubhaft dargelegt worden. Die vier Kinder der Versicherten seien bereits im Zeitpunkt der Verfügung vom 7. September 2010 erwachsen gewesen, weshalb die Begründung einer nunmehr weggefallenen Betreuungspflicht nicht überzeuge. Auch seit Einstellung der Unterhaltszahlungen des geschiedenen Ehemanns im Jahr 2015 seien keinerlei Anstrengungen erkennbar, um im Erwerbsleben wieder Fuss zu fassen, obwohl sie gemäss dem letztinstanzlichen Urteil des Bundesgerichts vom 3. Februar 2012 E. 4 zumindest im Umfang von 50 % in einer leidensadaptierten Tätigkeit arbeitsfähig sei. Eine Vollerwerbstätigkeit sei nicht glaubhaft.
4.3. Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz im Hinblick auf die Statusfrage willkürlich sein soll. Konkrete Hinweise, die die erstmals im Rahmen des Vorbescheidverfahrens am 20. April 2016 vorgebrachte Behauptung einer vollzeitlichen Erwerbstätigkeit im Gesundheitsfall stützten, finden sich in den Akten keine. Die Begründung einer Vollerwerbstätigkeit erschöpfte sich im Hinweis, die Kinder seien erwachsen und bedurften keiner Betreuung mehr und sie erhalte seit 2015 keine Unterhaltszahlungen des geschiedenen Ehegatten mehr. Hinreichend substanzielle Anhaltspunkte für eine anspruchsrelevante Veränderung hinsichtlich der Statusfrage liegen damit nicht vor. Somit war die IV-Stelle auch nicht verpflichtet gewesen, anlässlich der Neuanmeldung eine weitere diesbezügliche Abklärung vorzunehmen, zumal die Versicherte die Neuanmeldung einzig mit einer Verschlechterung des Gesundheitszustands begründete. Die Feststellung des kantonalen Gerichts, dass bezüglich des für die Methodenwahl der Invaliditätsbemessung relevanten Sachverhalts verglichen mit den im Jahre 2010 herrschenden Verhältnissen keine wesentliche, eine Neubeurteilung der Statusfrage rechtfertigende Änderung glaubhaft gemacht worden sei, ist daher nicht zu beanstanden. Soweit die Beschwerdebegehren mit den letztinstanzlich neu eingereichten (mehrheitlich undatierten) Unterlagen (Umzugsprotokoll und Arbeitsbestätigungen) begründet werden sollen, handelt es sich dabei um unzulässige Noven (<ref-law>), weshalb sie unbeachtlich sind. Der angefochtene Entscheid hält vor Bundesrecht stand.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

rulings:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. September 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Polla

region: Federation


facts:
Faits :
A.
En 2008, X._, née en 1978, souffrait de troubles de la vésicule biliaire. Elle a consulté le Dr Y._, médecin FMH spécialisé en chirurgie viscérale, qui disposait d'un cabinet à Genève et opérait à titre indépendant à la Clinique Z._ SA. En juillet 2009, les symptômes présentés par la patiente se sont aggravés; une échographie a révélé la présence de deux calculs biliaires (lithiase vésiculaire).
Le 27 juillet 2009, X._ a subi à la Clinique Z._ une cholécystectomie (ablation de la vésicule biliaire) par coelioscopie (ou laparoscopie); l'opération a été pratiquée par le Dr Y._, assisté notamment du Dr A._, spécialiste FMH en chirurgie générale.
Le 28 juillet 2009, alors que le Dr Y._ lui proposait de quitter la clinique, X._ s'est plainte de douleurs abdominales et de nausées, sans reprise du transit intestinal.
Le 29 juillet 2009, les douleurs avaient augmenté et le Dr Y._ a prolongé l'hospitalisation; les analyses sanguines ordonnées pour le lendemain mettront en évidence une inflammation aiguë, confirmée par un scanner.
Le 30 juillet 2009, le Dr Y._, toujours assisté du Dr A._, a réopéré la patiente en urgence. Lors de l'intervention par laparotomie, il a découvert une perforation de l'intestin grêle de 1,5 cm et diagnostiqué une péritonite généralisée; il a procédé à la suture de la lésion et à un lavage de la cavité abdominale.
Le Dr Y._ est parti en vacances le 1 er août 2009. Il a été remplacé par le Dr A._, lequel, à son départ en vacances le 7 août 2009, sera remplacé par le Dr B._, spécialiste FMH en chirurgie. Ce dernier a diagnostiqué chez X._ une deuxième complication, à savoir une infection de type péritonite, avec formation de deux abcès au niveau de l'abdomen et un épanchement pleural dans le poumon droit; le transit intestinal n'avait toujours pas repris.
Le 8 août 2009, le Dr Y._ a interrompu ses vacances et est revenu à Genève. Le 10 août 2009, il a posé des drains au niveau des abcès et du poumon droit de la patiente, qu'il a mise sous antibiotiques, administrés par voie veineuse centrale. X._ a mal répondu à cette médication, de sorte que le Dr Y._ a fait appel en urgence à un pneumologue et à un spécialiste des infections des HUG, lequel a prescrit des antibiotiques très puissants; le traitement a dû être interrompu le 13 août 2009, car la patiente avait développé une hépatite médicamenteuse.
Le 11 août 2009, le Dr Y._ a posé sur sa patiente un dispositif de traitement des plaies dit VAC, destiné à nettoyer la plaie et à stimuler le processus de cicatrisation.
X._ a été hospitalisée jusqu'au 21 août 2009.
Le 22 septembre 2009, le Dr Y._ lui a enlevé l'appareil VAC au cours d'une intervention. La patiente est restée à la clinique jusqu'au 25 septembre 2009.
En novembre 2009, X._ a consulté le Dr C._, chirurgien FMH exerçant à Lausanne, afin d'obtenir un avis sur les traitements qu'elle avait subis les mois précédents.
Par la suite, la patiente a continué d'éprouver des douleurs, des vomissements, de la fatigue, des pertes de mémoire, une diminution de l'acuité visuelle, des difficultés à soulever des charges et une instabilité psychologique, soit des troubles qui se répercutent sur son activité professionnelle d'ostéopathe et qu'elle attribue aux suites de l'intervention du 27 juillet 2009. Par ailleurs, il lui serait désormais impossible de concevoir un enfant par voie naturelle.
B.
B.a. Par demande du 24 décembre 2010, X._ a assigné Y._ et la Clinique Z._ SA en paiement de 2'204'143 fr. à titre d'indemnité pour atteinte à l'avenir économique et 200'000 fr. en réparation du tort moral.
Par jugement du 26 avril 2012, le Tribunal de première instance du canton de Genève a débouté X._ de toutes ses conclusions à l'encontre de la Clinique Z._ SA, au motif que celle-ci était dépourvue de la légitimation passive. La Cour de justice du canton de Genève a annulé cette décision et renvoyé la cause à l'autorité précédente.
Le Tribunal de première instance a ordonné une expertise médicale et désigné comme expert le Professeur D._, chef du service de chirurgie viscérale de.... En tant que besoin, il sera revenu dans la partie «en droit» sur le contenu de l'expertise judiciaire du 1 er octobre 2013.
L'audition de l'expert a eu lieu le 20 novembre 2013. Plusieurs témoins, dont le Dr C._, ont été entendus lors d'audiences échelonnées entre le 10 février et le 10 septembre 2014.
X._ a sollicité des prorogations d'enquêtes et une contre-expertise.
Par ordonnance du 24 octobre 2014, le tribunal, par appréciation anticipée des preuves, a refusé d'entendre le Dr E._, spécialiste FMH en gynécologie-obstétrique.
Par jugement du 15 avril 2015, le tribunal a débouté X._ de toutes ses conclusions contre Y._ et la Clinique Z._ SA. Dans sa décision, il a rejeté la demande de contre-expertise, au motif qu'il n'existait aucune raison objective susceptible de faire douter des conclusions de l'expert judiciaire.
X._ a interjeté appel de ce jugement. Y._ et la Clinique Z._ SA ont déposé un appel joint, respectivement un recours, dirigés uniquement contre le montant des indemnités de procédure dues par la demanderesse.
Statuant le 30 juin 2016, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a augmenté le montant des indemnités de procédure à verser par X._ et, pour le surplus, a confirmé le jugement de première instance; elle a admis ainsi que ni le médecin ni la clinique n'avaient engagé leur responsabilité contractuelle envers la patiente.
B.b. En première instance, X._ a obtenu l'assistance judiciaire - limitée à la prise en charge des frais judiciaires et des frais d'expertise - dont l'octroi était subordonné en outre au paiement d'une participation mensuelle de 100 fr. Pour la procédure d'appel, l'autorité compétente a mis X._ au bénéfice de l'assistance juridique, limitée toutefois à l'exonération de l'avance de frais au motif que les chances de succès de l'appel étaient faibles. Contre cette décision, X._ a formé un recours, qui a été rejeté le 27 octobre 2015 par le Vice-Président de la Cour de justice du canton de Genève. Ce dernier a jugé que l'assistance judiciaire aurait dû être entièrement refusée dès lors que les chances de succès de l'appel étaient faibles; en vertu du principe de l'interdiction de la reformatio in peius, il n'a toutefois pas retiré l'assistance judiciaire limitée accordée à X._. Celle-ci a recouru au Tribunal fédéral contre la décision cantonale du 27 octobre 2015. Le recours en matière civile et la demande d'assistance judiciaire correspondante ont été rejetés par arrêt du 21 avril 2016 (cause 4A_665/2015).
C.
X._ interjette un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 30 juin 2016. Elle demande principalement au Tribunal fédéral de:
" Condamner Monsieur Y._ et la Clinique Z._ SA à verser à Madame X._, selon une répartition à déterminer ensuite de la réalisation de la contre-expertise précitée, au titre de dommages et intérêts, la somme de 2'204'143 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le dépôt de la demande;
Condamner Monsieur Y._ et la Clinique Z._ SA à verser à Madame X._, au titre de tort moral, la somme de 200'000 fr.;
Prononcer la mainlevée définitive de l'opposition formée par Monsieur Y._ au commandement de payer relatif à la poursuite n° 1, à concurrence de la somme à laquelle il aura été condamné;
Prononcer la mainlevée définitive de l'opposition formée par la Clinique Z._ SA au commandement de payer relatif à la poursuite n° 2, à concurrence de la somme à laquelle elle aura été condamnée. "
A titre subsidiaire, la recourante conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale.
Par la suite, la recourante a déposé une demande d'assistance judiciaire limitée à l'exonération des frais du recours.
Une réponse n'a pas été requise.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue par un tribunal supérieur désigné comme autorité cantonale de dernière instance, lequel a statué sur recours (<ref-law>). La cause atteint la valeur litigieuse de 30'000 fr. ouvrant le recours en matière civile dans les affaires ne relevant ni du droit du travail ni du droit du bail à loyer (<ref-law>). Au surplus, le recours est exercé par la partie qui a succombé dans ses conclusions condamnatoires et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>); il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. b et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2.
Se fondant essentiellement sur l'expertise judiciaire, jugée concluante et suffisante au regard de l'<ref-law>, la cour cantonale a nié toute violation des règles de l'art médical par le médecin intimé. A la suite d'une appréciation anticipée des preuves, elle a refusé d'ordonner une contre-expertise et de faire droit à la requête tendant à la ré-audition du Dr C._.
2.1. Invoquant tout d'abord le droit d'être entendu ancré à l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante est d'avis qu'une contre-expertise s'imposait en raison des carences qui affecteraient l'expertise judiciaire. Ainsi, le Professeur D._ aurait omis de prendre en considération les départs en vacances de l'intimé, puis de son remplaçant; il aurait écarté sans explication valable la probabilité que la lésion à l'intestin puisse avoir été provoquée lors du placement des trocarts; il n'aurait pas documenté son affirmation selon laquelle le risque de lésion intestinale était en l'occurrence de moins de 1%, pourcentage qui serait au surplus contradictoire avec le caractère présenté comme connu de cette complication.
A lire le recours, plusieurs des conclusions de l'expert judiciaire sont en contradiction avec l'expertise privée établie par le Dr C._, lequel, par ailleurs, aurait dû être entendu de manière complète également sur les questions relevant de l'expertise judiciaire. La recourante relève à cet égard que le Dr C._ a noté l'absence de mention, dans le protocole opératoire, du contrôle "à vue" lors du retrait des trocarts; il ne serait donc pas prouvé que l'intimé a effectué le contrôle visuel du champ opératoire prescrit par les règles de l'art. La recourante relève également que, selon le Dr C._, il ne devrait pas être indispensable, après une opération coelioscopique, de prescrire une antalgie lourde comme celle qui a été prescrite en l'occurrence; elle en déduit que l'intimé pouvait se douter d'un problème post-opératoire dès le 28 juillet 2009 et que la nouvelle intervention du 30 juillet 2009 a été pratiquée tardivement.
En niant toute violation des règles de l'art médical sur la base d'une expertise judiciaire insuffisante, la cour cantonale aurait versé dans l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst.
2.2. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à des offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les arrêts cités). Lorsque des prétentions du droit civil fédéral sont en jeu, le droit à la preuve déduit du droit d'être entendu est rattaché plus spécifiquement à l'<ref-law> (entre autres, arrêt 5A_600/2010 du 5 janvier 2011 consid. 4.3.2). Ni l'art. 29 al. 2 Cst., ni l'<ref-law> n'excluent une appréciation anticipée des preuves (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 376). Le juge peut ainsi refuser une mesure probatoire lorsque celle-ci ne serait pas de nature à modifier le résultat des preuves déjà administrées, qu'il tient pour acquis. Un tel refus ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 376).
2.3. En l'espèce, il appartenait à la recourante de prouver que le médecin intimé, en sa qualité de mandataire, avait violé son devoir de diligence. L'étendue de cette obligation se détermine selon des critères objectifs. Les exigences qui doivent être posées à cet égard ne peuvent pas être fixées une fois pour toutes; elles dépendent des particularités de chaque cas, telles que la nature de l'intervention ou du traitement et les risques qu'ils comportent, la marge d'appréciation, le temps et les moyens disponibles, la formation et les capacités du médecin. Les règles de l'art médical, que le médecin doit observer, sont des principes établis par la science médicale, généralement reconnus et admis, communément suivis et appliqués par les praticiens. Savoir si le médecin a violé son devoir de diligence est une question de droit; dire s'il existe une règle professionnelle communément admise, quel était l'état du patient et comment l'acte s'est déroulé relève du fait (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 124).
Pour éclaircir ces points, les juges genevois disposaient d'une expertise judiciaire, complétée par l'audition de l'expert. Fondés essentiellement sur ce moyen de preuve, ils sont arrivés à la conclusion qu'aucune violation des règles de l'art médical ne pouvait être imputée à l'intimé. La question est donc de savoir si, ce faisant, la cour cantonale s'est livrée à une appréciation arbitraire des preuves.
2.4. Selon la jurisprudence relative à l'art. 9 Cst., le juge apprécie librement la force probante d'une expertise. Dans le domaine des connaissances professionnelles particulières de l'expert, il ne peut toutefois s'écarter de l'opinion de celui-ci que pour des motifs importants. A l'inverse, lorsque l'autorité précédente juge une expertise concluante et en fait sien le résultat, le grief d'appréciation arbitraire des preuves ne sera admis que si l'expert n'a pas répondu aux questions posées, si ses conclusions sont contradictoires ou si, d'une quelconque autre façon, l'expertise est entachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, même sans connaissances spécifiques, que le juge ne pouvait tout simplement pas les ignorer (consid. 5 non publié de l'<ref-ruling>; cf. <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 198; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 547; <ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 391; <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 269).
En l'espèce, la recourante ne prétend pas que l'expert n'aurait pas répondu aux questions posées. Sur la question des vacances du médecin, l'expert a confirmé, lors de son audition, que la désignation d'un remplaçant, telle qu'effectuée en l'occurrence, était conforme aux règles professionnelles.
En ce qui concerne l'intervention même du 27 juillet 2009 et son déroulement, il ressort de l'expertise judiciaire et de l'audition de l'expert que la chirurgie par voie laparoscopique correspond au standard pour le type d'intervention en cause, que la technique utilisée - une laparoscopie par abord ouvert avec placement des trocarts sous le contrôle de la vue - est prudente, que l'intimé est un chirurgien viscéral expérimenté, formé de manière adéquate à cette technique, et enfin que le protocole opératoire était complet. L'expert est d'avis que, vu la technique utilisée, la lésion à l'intestin grêle a été provoquée par un instrument au travers d'un trocart, et non par le trocart lui-même. Il observe qu'il s'agit là d'une complication connue dont la probabilité est toutefois inférieure à 1%; ce risque est inhérent à la technique coelioscopique et peut se réaliser même si l'opération est pratiquée par un expert.
Les éléments avancés par la recourante ne font pas apparaître les conclusions de l'expert comme contradictoires ou entachées de défauts évidents. Une complication peut être connue mais ne survenir que rarement. Le taux de perforation de l'intestin grêle, évalué à moins de 1% par l'expert qui qualifie le risque de "très rare", n'est pas contredit par le Dr C._ dans son rapport du 3 mars 2010, qui indique une probabilité de 1,5 à 2 o/oo; au surplus, comme l'expert, le médecin consulté par la recourante tient ce risque pour inhérent à la technique de la laparoscopie, les mouvements des instruments au travers des trocarts ne se faisant pas toujours dans le champ visuel de l'opérateur. En ce qui concerne l'origine de la lésion, il n'était pas non plus insoutenable, de la part de la cour cantonale, de se rallier à la conclusion de l'expert judiciaire, laquelle se fondait sur la technique utilisée impliquant le placement des trocarts sous le contrôle de la vue. Plus généralement, l'autorité précédente n'a pas retenu une absence du contrôle du champ opératoire avec exploration de la cavité abdominale. Cette constatation ne saurait être tenue pour arbitraire du simple fait que, selon le médecin consulté par la recourante, le protocole opératoire ne mentionnerait pas le contrôle "à vue" du retrait des trocarts, alors que, pour sa part, l'expert judiciaire relève que la technique employée était correcte, que le protocole opératoire était complet et que le déroulement de l'intervention comme documenté s'est effectué dans les règles de l'art.
S'agissant du suivi post-opératoire, l'expert a conclu que les examens ordonnés par le médecin intimé et les décisions prises par celui-ci constituaient, à chaque étape, des réactions adéquates par rapport au tableau clinique présenté par la patiente; il ne considère pas que la deuxième opération, pratiquée trois jours après la cholécystectomie, soit intervenue trop tardivement. La recourante ne démontre pas que l'expertise serait affectée de défauts évidents et reconnaissables à cet égard. Les explications de l'expert sont claires, cohérentes et complètes. En particulier, l'expert indique pourquoi l'antalgie lourde prescrite à la patiente dès l'opération, puis le lendemain ne traduisait pas en l'occurrence une situation alarmante. Il explique également que le ressenti des douleurs est variable selon la personne et que, face aux plaintes du patient, il y a une échelle des interventions, soit un examen clinique, puis un examen sanguin, puis un scanner et enfin l'opération; en l'occurrence, ces différentes mesures se sont succédées en fonction des douleurs persistantes éprouvées par la patiente et des symptômes constatés, sans qu'une violation d'une règle professionnelle puisse être imputée à l'intimé.
2.5. En résumé, les juges genevois ne se sont pas livrés à une appréciation arbitraire des preuves en considérant que l'expertise judiciaire était concluante et qu'une contre-expertise ou une nouvelle audition du médecin mandaté par la patiente n'étaient pas susceptibles de modifier le résultat auquel l'expert était parvenu et qu'ils tiennent pour acquis, à savoir l'absence de violation des règles de l'art par le médecin intimé. Le grief tiré de la violation du droit d'être entendu s'en trouve par là-même dénué d'objet.
3.
L'autorité précédente a également jugé que l'intimé n'avait pas méconnu son devoir d'information en ne renseignant pas la patiente sur le risque de lésion à l'intestin grêle lors d'une cholécystectomie par voie laparoscopique. D'une part, elle observe que l'opération litigieuse, même si elle n'était pas urgente, était indiquée médicalement; d'autre part, elle relève le caractère très rare du risque en question.
En tout état de cause, la cour cantonale admet le moyen tiré du consentement hypothétique de la patiente, soulevé par le médecin. La fréquence et la gravité du risque encouru ne nécessitaient pas en l'espèce un besoin accru d'information. Cela étant, les juges genevois se déclarent convaincus que, même dûment informée, la recourante, comme toute personne sensée, n'aurait pas refusé de se soumettre à l'intervention nécessitée par son état de santé.
3.1. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir apprécié de manière arbitraire les critères posés par la jurisprudence en matière de consentement éclairé du patient. Elle ne conteste pas le caractère courant de la cholécystectomie, mais relève que cette intervention consistait tout de même en l'ablation d'un organe (la vésicule biliaire) et qu'elle ne présentait aucune urgence en l'occurrence; de plus, la complication résidant dans une perforation de l'intestin grêle était connue selon l'expert, même si celui-ci, de manière contradictoire, évalue le risque à moins de 1%. La recourante soutient qu'elle aurait dû être informée de ce risque lié à la technique opératoire adoptée, étant donné les conséquences potentiellement dévastatrices de la lésion intestinale, qui se sont du reste réalisées en l'espèce.
Selon la recourante, la nature radicale et le caractère non urgent de l'intervention empêchaient également la cour cantonale de conclure à l'existence d'un consentement hypothétique de la patiente, qui du reste avait manifesté ses hésitations et inquiétudes avant l'opération en demandant la prise de photographies et l'enregistrement d'une vidéo.
3.2. Toute atteinte à l'intégrité corporelle, même causée par une intervention chirurgicale, est illicite à moins qu'il n'existe un fait justificatif. Dans le domaine médical, la justification de l'atteinte réside le plus souvent dans le consentement du patient; pour être efficace, le consentement doit être éclairé, ce qui suppose de la part du praticien de renseigner suffisamment le malade pour que celui-ci donne son accord en connaissance de cause. Le devoir d'information du médecin résulte également de ses obligations contractuelles. Le médecin doit donner au patient, en termes clairs, intelligibles et aussi complets que possible, une information sur le diagnostic, la thérapie, le pronostic, les alternatives au traitement proposé, les risques de l'opération, les chances de guérison, éventuellement sur l'évolution spontanée de la maladie et les questions financières, notamment relatives à l'assurance (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et 4.1.2 p. 128 s. et les arrêts cités).
Il appartient au médecin d'établir qu'il a suffisamment renseigné le patient et obtenu le consentement éclairé de ce dernier préalablement à l'intervention. En l'absence d'un tel consentement, le praticien peut soulever le moyen du consentement hypothétique du patient. Il doit alors démontrer que celui-ci aurait accepté l'opération même s'il avait été dûment informé. Si le fardeau de la preuve incombe là aussi au médecin, le patient doit toutefois collaborer à cette preuve en rendant vraisemblable ou au moins en alléguant les motifs personnels qui l'auraient incité à refuser l'opération s'il en avait notamment connu les risques. En effet, il ne faut en règle générale pas se baser sur le modèle abstrait d'un «patient raisonnable», mais sur la situation personnelle et concrète du patient dont il s'agit. Ce n'est que dans l'hypothèse où le patient ne fait pas état de motifs personnels qui l'auraient conduit à refuser l'intervention proposée qu'il convient de considérer objectivement s'il serait compréhensible, pour un patient sensé, de s'opposer à l'opération. Par ailleurs, le consentement hypothétique ne doit en principe pas être admis lorsque le genre et la gravité du risque encouru auraient nécessité un besoin accru d'information, que le médecin n'a pas satisfait. Dans un tel cas, il est en effet plausible que le patient, s'il avait reçu une information complète, se serait trouvé dans un réel conflit quant à la décision à prendre et qu'il aurait sollicité un temps de réflexion (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 129 s.). La question d'un éventuel consentement hypothétique du patient relève du droit, quand bien même les circonstances sur lesquelles le juge se fonde sont des éléments de fait (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 131 s.).
3.3. Le médecin intimé devait rapporter la preuve qu'il avait obtenu le consentement éclairé de la recourante avant l'intervention et donc qu'il avait informé la patiente de manière complète et suffisante, en particulier sur l'opération envisagée et les risques de celle-ci. A cet égard, l'arrêt attaqué ne contient aucune constatation sur les renseignements effectivement fournis à la recourante avant l'intervention. Les juges précédents constatent uniquement que la patiente n'a pas été avisée du risque de perforation intestinale et jugent que le médecin n'avait pas l'obligation de l'informer sur ce risque-là. En d'autres termes, la preuve du consentement éclairé de la patiente ne ressort pas de l'arrêt attaqué. Dans ces conditions, il convient d'examiner le grief exclusivement sous l'angle du consentement hypothétique, admis subsidiairement par la cour cantonale.
Devant les instances cantonales, la patiente n'a pas fait état de raisons personnelles qui l'auraient conduite à refuser l'intervention par laparoscopie si elle avait été informée du risque de lésion à l'intestin. Contrairement à ce que la recourante prétend à présent, ses demandes de prises de vue et d'enregistrement, formulées par intérêt personnel selon les constatations de l'arrêt attaqué, ne révèlent en elles-mêmes rien de l'éventuel motif qui aurait pu amener la patiente à s'opposer à la cholécystectomie envisagée si elle avait connu le risque encouru.
Cela étant, les circonstances mises en avant par la cour cantonale pour admettre un consentement hypothétique apparaissent pertinentes. D'une part, la patiente souffrait de douleurs, nausées et vomissements depuis une année et demie; son état avait empiré en juillet 2009 et elle présentait deux calculs biliaires; l'ablation de la vésicule biliaire était alors indiquée médicalement; la chirurgie par voie coelioscopique était le standard pour une telle intervention, pratiquée couramment; le chirurgien intimé était en outre reconnu comme un expert dans ce domaine. D'autre part, le risque de perforation de l'intestin grêle était inférieur à 1%, l'expert le qualifiant même de "très rare"; aucun élément de l'arrêt attaqué ne donne par ailleurs à penser que ce risque serait lié à une atteinte si grave à la santé qu'elle justifiait un besoin accru d'information. Sur la base de ces faits, la cour cantonale pouvait considérer objectivement que, dûment informée, la recourante, comme toute personne sensée, n'aurait pas refusé de se soumettre à la cholécystectomie par laparoscopie préconisée par le médecin. Force est dès lors de conclure que l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en admettant, à titre subsidiaire, le moyen du consentement hypothétique soulevé par l'intimé.
4.
La recourante demande que la responsabilité de la clinique intimée soit reconnue pour les violations du devoir de diligence reprochées au médecin intimé.
La critique tombe d'emblée à faux puisqu'il n'est pas établi que le médecin ait violé ses obligations contractuelles. Au demeurant, par un raisonnement nullement remis en cause dans le recours, la cour cantonale a jugé que l'intimée, liée à la patiente par un "contrat d'hospitalisation démembré", ne répondait pas des éventuels manquements du médecin mandaté par la recourante, lequel intervenait à titre indépendant au sein de la clinique.
5.
Sous l'angle du droit d'être entendu, la recourante s'en prend également aux refus du tribunal, puis de la cour cantonale de procéder à l'audition du Dr E._, spécialiste FMH en gynécologie-obstétrique. Elle souhaitait faire entendre ce médecin, car celui-ci l'avait opérée en novembre 2013 et aurait ainsi constaté les séquelles de la péritonite d'août 2009, à l'origine de problèmes de fertilité.
La cour cantonale a rejeté les actions en responsabilité introduites par la recourante, faute de violation par les intimés de leurs obligations contractuelles. A l'issue des considérants 2 à 4 ci-dessus, tous les griefs liés à cette condition de la responsabilité ont été rejetés. L'audition du gynécologue réclamée par la recourante aurait dû porter sur des faits en relation avec d'autres conditions de la responsabilité (dommage; lien de causalité), soit des faits désormais dénués de pertinence. La cour de céans peut dès lors se dispenser d'examiner le moyen fondé sur l'art. 29 al. 2 Cst.
6.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Par ailleurs, il était dénué de chances de succès. Il s'ensuit que la demande d'assistance judiciaire, limitée à l'exonération des frais de la procédure, sera également rejetée (<ref-law>).
Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante (<ref-law>). Cette dernière n'aura pas à verser des dépens aux intimés, qui n'ont pas été invités à se déterminer.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er février 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Godat Zimmermann


facts:
Considérant en fait et en droit :
1.
Par arrêt du 27 mars 2017, communiqué aux parties le 11 avril 2017, la Chambre des curatelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours interjeté le 27 février 2017 par A._ et confirmé la décision rendue le 31 janvier 2017 par le Juge de paix du district de Lausanne considérant que le signalement déposé le 23 octobre 2016 par A._ en faveur de l'enfant d'un premier lit de son épouse et dont il est séparé, ne nécessitait pas l'intervention de l'autorité de protection et a clos la procédure.
L'autorité précédente a d'abord relevé qu'elle avait donné suite à la réquisition du recourant d'obtenir la transmission du dossier pénal ouvert auprès du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne sous le n° PE16.001261. La cour cantonale a ensuite constaté que rien ne permettait de retenir que le rapport rendu par le Service de protection de la jeunesse (ci-après : SPJ) le 26 janvier 2017 au terme de ses investigations était lacunaire ou incomplet et que le recourant n'indiquait d'ailleurs pas quelles auditions complémentaires seraient encore, selon lui, nécessaires. La Chambre des curatelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud a en outre retenu que ni les investigations du SPJ, ni le dossier pénal reçu en consultation ne mentionnaient un quelconque élément permettant de suspecter que l'enfant aurait subi ou subirait de la maltraitance de la part de sa mère. Il apparaissait au contraire que ses parents s'en occupent adéquatement et que son développement n'est pas en danger. L'autorité précédente, considérant que le dossier pénal faisait état d'une tentative de suicide de la mère en raison du harcèlement constant du recourant, a jugé que celui-ci était malvenu de se prévaloir des éléments dudit dossier pour conforter sa thèse de prétendus mauvais traitements de l'enfant.
2.
Par acte du 10 mai 2017, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral.
Par pli du 14 mai 2017, le recourant transmet au Tribunal fédéral divers documents, sollicitant le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
3.
La recevabilité du recours en matière civile est soumise à l'exigence que la partie qui recourt dispose de la qualité pour former un recours en matière civile (<ref-law>). En matière de protection de l'enfant, les "proches" de la personne concernée par une mesure de protection ont la qualité de partie devant l'instance judiciaire (cantonale) de recours (<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>; arrêts 5A_236/2015 du 8 mai 2015 consid. 1.2; 5A_683/2013 du 11 décembre 2013 consid. 1.2). En revanche, la qualité pour recourir au Tribunal fédéral se détermine exclusivement au regard de l'<ref-law> (arrêts 5A_310/2015 du 20 avril 2015 consid. 2; 5A_857/2010 du 12 janvier 2011 consid. 1.3), en vertu duquel la qualité pour former un recours en matière civile appartient à celui qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et, cumulativement, est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt à son annulation ou sa modification (let. b). L'intérêt digne de protection consiste en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait à la personne recourante en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 539 et les références).
Il suit de ce qui précède, que le recourant - qui a méconnu cette condition de recevabilité du recours, partant ne discute nullement dans son mémoire de sa qualité pour recourir - ne dispose a priori d'aucun intérêt digne de protection à recourir au Tribunal fédéral. Cela étant, cette question peut souffrir ici de demeurer indécise, dès lors que le recours est de toute manière voué à l'échec.
4.
Le présent recours est d'emblée irrecevable en tant qu'il s'écarte de l'objet du présent litige (<ref-ruling> consid. 4.4.2 et les arrêts cités); cela vise trois passages du recours, savoir : a) l'argumentation relative à la cause pénale divisant le recourant de son épouse et les griefs soulevés à cet égard, singulièrement les art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH consacrant " la présomption d'innocence et son corollaire, le principe « in dubio pro reo »", b) la critique du contenu du dossier pénal n° PE16.001261, particulièrement la valeur des auditions (<ref-law>), et c) l'état de son casier judiciaire et celui respectif des parents de l'enfant signalée.
Pour le surplus, autant que recevable au regard de l'exigence minimale de motivation (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF), le mémoire de recours contient une critique relative à la manière prétendument partiale dont a investigué le SPJ, et - autant que l'on puisse le comprendre ainsi - un grief d'appréciation arbitraire des preuves, singulièrement du dossier pénal apporté à la procédure.
A la lecture de l'arrêt cantonal entrepris, il apparaît que les deux griefs soulevés sont manifestement mal fondés, de sorte qu'en vertu de l'art. 109 al 3 LTF, il peut être entièrement renvoyé à la motivation de l'arrêt entrepris.
En définitive, le recours, autant que recevable, doit être rejeté selon la procédure simplifiée prévue à l'<ref-law>.
5.
Au vu de la nature de la cause, il est renoncé à percevoir des frais judiciaires (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire est sans objet.

rulings:
par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Juge de paix du district de Lausanne et à la Chambre des curatelles du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 22 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin


facts:
Considérant en fait et en droit :
1.
Par prononcé du 7 avril 2017, la Présidente de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a refusé à A._ le bénéfice de l'assistance judiciaire dans le cadre du recours qu'il a déposé dans la procédure de mainlevée de l'opposition qui le divise d'avec l'État de Vaud, dès lors que ledit recours apparaissait comme dénué de chance de succès.
2.
Par lettre du 6 mai 2017, remise à la Poste suisse à l'adresse du Tribunal cantonal le 8 mai 2017, A._ déclare son " incompréhension et déception " par rapport à la décision de refus de l'assistance judiciaire. Invité par la Présidente de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud à clarifier si son courrier devait être considéré comme un recours au Tribunal fédéral, A._ a, par lettre du 19 mai 2017, confirmé son intention de recourir contre le prononcé du 7 avril 2017.
3.
Le présent recours - traité comme un recours constitutionnel subsidiaire, eu égard à la valeur litigieuse - est dirigé contre une décision refusant l'assistance judiciaire pour un recours formé dans le cadre d'une procédure de mainlevée de l'opposition à concurrence de xx'xxx fr. xx, plus intérêts, savoir, contre une décision incidente selon l'<ref-law>, dont la jurisprudence admet qu'elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>).
4.
Toutefois le recourant se limite à déclarer son intention de recourir, sans soulever le moindre grief - même de manière implicite -, ni même formuler aucune critique de la décision querellée, de sorte que le recours ne satisfait nullement aux exigences accrues de motivation posées par les art. 106 al. 2 et 116 LTF, par renvoi de l'<ref-law>. Le présent recours est donc irrecevable.
5.
En définitive, le recours doit être déclaré irrecevable selon la procédure simplifiée de l'art. 108 al. 1 let. a et b LTF, par renvoi de l'<ref-law>.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 200 fr., sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Président prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 200 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Présidente de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 31 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin


facts:
Faits :
A.
Le bâtiment n° A499, sis sur la parcelle n° 145 du registre foncier de la commune de Genève, à l'adresse 2-4, rue des Deux-Ponts est propriété de la société A._ SA (ci-après : la société). Il se trouve en troisième zone de construction au sens de l'art. 19 al. 1 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT; RS/GE L 1 30) ainsi que des art. 26 à 29 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE L 5 05). Il s'agit d'un bâtiment édifié en 1910, qui a abrité l'ancienne manufacture de chaînes Eugène Tissot puis la manufacture de cadrans Beyeler. Ce bâtiment a reçu la mention "intéressant" lors du recensement du patrimoine industriel du canton de Genève car il constituait un objet intéressant au niveau local ou régional, présentait des qualités architecturales évidentes en termes de volume ou de proportions, était représentatif d'une époque, d'un style ou d'un mouvement artistique ou artisanal ou que sa valeur pouvait être renforcée par son intégration à un ensemble dont il pourrait être dissocié.
Le bâtiment précité se situe aussi dans le périmètre n° 17 du relevé de l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (ISOS), recensé en tant que "quartier de la Jonction", lequel bénéficie d'un objectif de sauvegarde A.
B.
Ce bâtiment a fait l'objet d'une transformation, d'une démolition partielle et d'une surélévation dans les années 2006 à 2007. Ces modifications ont entraîné par ailleurs un changement de l'affectation industrielle en une affectation administrative. Une autorisation de construire avait été délivrée en date du 3 avril 2007 et exécutée depuis lors.
C.
Par arrêté du 8 avril 2009, le Département des constructions et des technologies de l'information (devenu entre-temps le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après : le DALE ou le Département]), a ordonné l'inscription à l'inventaire des immeubles dignes d'être protégés du bâtiment n° A499 et de la parcelle n° 145 de la commune de Genève. A la suite d'un recours de la société, le Tribunal administratif du canton de Genève a rendu un arrêt le 1 er juin 2010, réformant partiellement cet arrêté; les effets de l'inscription à l'inventaire étaient limités à ses façades originelles, avant surélévation, côté rue, fenêtres comprises. Par arrêté du 1 er septembre 2010, le Conseil d'Etat du canton de Genève, tenant compte de l'arrêt du 1 er juin 2010, a modifié son arrêté du 8 avril 2009, en ce sens que l'inscription à l'inventaire du bâtiment se limite à ses façades originelles, avant surélévation, côté rue, fenêtres comprises.
D.
Le 16 mars 2010, la société a déposé une demande définitive d'autorisation de construire tendant à la surélévation de l'immeuble, en créant deux étages supplémentaires, identiques à ceux réalisés dans le cadre de l'autorisation du 3 avril 2007.
Lors de l'instruction de la requête en autorisation de construire, la Commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS), la Ville de Genève et le Département de l'aménagement du territoire rattaché à l'Office de l'urbanisme ont émis des préavis défavorables.
La société a ensuite présenté six versions du projet de surélévation. La sixième version, datée du 20 décembre 2013, a recueilli un préavis favorable de la CMNS à l'octroi de la dérogation de l'art. 11 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE L 5 05). En revanche, la Direction de la planification directrice cantonale et régionale, la Ville de Genève et la Commission d'architecture ont émis un préavis défavorable, pour des motifs esthétiques (mauvaise insertion urbanistique du projet).
Par décision du 1 er octobre 2014, le DALE a délivré l'autorisation de construire, assortie de deux conditions: les dispositions de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR; RS/GE L 5 20) devaient être respectées; le service juridique LDTR gardait une position réservée, en particulier concernant les loyers des logements créés par la surélévation.
E.
La Ville de Genève, Patrimoine Suisse Genève, Action Patrimoine Vivant et l'Association genevoise des locataires ont recouru auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève contre la décision du 1 er octobre 2014.
Après avoir tenu deux audiences de comparution personnelle et entendu deux témoins, le Tribunal administratif de première instance a admis les recours et annulé l'autorisation de construire, par jugement du 3 juillet 2015.
F.
La société a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre le jugement du 3 juillet 2015. Après avoir tenu une audience de comparution personnelle et d'enquêtes, la Cour de justice a admis le recours et rétabli l'autorisation de construire du 1 er octobre 2014, par arrêt du 5 avril 2016.
G.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Ville de Genève demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 5 avril 2016 et l'autorisation de construire du 1 er octobre 2014 et de rétablir le jugement du Tribunal administratif de première instance du 3 juillet 2015. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à présenter des observations, le Département conclut au rejet du recours, alors que la société conclut à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet. La Cour de justice renonce à se déterminer. Un second échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les parties ont maintenu leurs conclusions.
Invité à se déterminer sur le fait que l'immeuble en question se trouve dans un quartier figurant à l'inventaire ISOS, l'Office fédéral de la culture est d'avis que le projet en question porte une atteinte significative à un site d'importance nationale sans qu'un intérêt public suffisant justifie cette atteinte. La Ville de Genève, le DALE et la société ont fait parvenir leurs observations à cet égard.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.1. Une collectivité publique peut fonder sa qualité pour recourir sur l'<ref-law> si l'acte attaqué l'atteint de la même manière qu'un particulier ou de façon analogue, dans sa situation matérielle (patrimoine administratif ou financier) ou juridique et qu'elle a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Un intérêt général à une correcte application du droit n'est cependant pas suffisant au regard de cette disposition (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 158; <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 406; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 62 et les références citées).
Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (<ref-ruling> consid. 2b p. 174; <ref-ruling> consid. 5c p. 511). La distance par rapport à l'objet du litige ne constitue toutefois pas l'unique critère pour déterminer la qualité pour agir du voisin. S'il est certain ou très vraisemblable que l'installation litigieuse sera à l'origine d'immissions - bruit, vibrations, lumières ou autres - touchant spécialement les voisins, même situés à quelque distance, ces derniers peuvent avoir qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 285; arrêt 1C_565/2012 du 23 janvier 2013 consid. 2.1 in SJ 2013 I 526). Le voisin doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée qui permette d'admettre qu'il est touché dans un intérêt personnel se distinguant nettement de l'intérêt général des autres habitants de la collectivité concernée de manière à exclure l'action populaire; il doit ainsi invoquer des dispositions du droit public des constructions susceptibles d'avoir une incidence sur sa situation de fait ou de droit (<ref-ruling> consid. 2.2.3 et 2.3 p. 33 s.; <ref-ruling> consid. 1.3.1 s. p. 252 s.).
1.2. En l'espèce, la Ville de Genève a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt cantonal qui confirme le projet de construction sis sur une parcelle voisine de plusieurs biens-fonds lui appartenant; elle est notamment propriétaire des parcelles n° 1'300 et 1'897, situées de l'autre côté du Rhône, à partir desquelles le projet litigieux serait particulièrement visible. Elle dispose ainsi de la qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>. Il convient dès lors d'entrer en matière.
2.
Dans un grief formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint de la constatation manifestement inexacte d'un fait.
2.1. Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'<ref-law> lui permet cependant de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>.
2.2. La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir retenu que l'architecture du quartier était amenée à évoluer, en particulier dans le sentier des Saules. La recourante soutient au contraire que les bâtiments existants ne vont subir aucune modification de leur gabarit dans les prochaines années.
Il ressort cependant du dossier que, lors de l'audience du 28 avril 2015, un membre de la CMNS a précisé que "lors de l'examen de la construction projetée, il n'avait pas été tenu compte du fait que l'immeuble voisin risquait d'être détruit". La Cour de justice n'a donc pas établi ce fait de façon arbitraire.
3.
La recourante soutient que c'est de manière insoutenable qu'une dérogation au gabarit de la construction a été octroyée. Elle se plaint d'une application arbitraire des art. 11 al. 4 et al. 6 LCI.
Elle se prévaut aussi à cet égard d'une violation de l'obligation de motiver (art. 29 al. 2 Cst.). Fût-il recevable, ce grief pourrait être d'emblée rejeté dans la mesure où la Cour de justice a amplement exposé les motifs qui l'ont guidée (voir infra consid. 3.2).
3.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 18). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>.
3.2. La Ville de Genève reproche d'abord aux juges cantonaux de ne pas avoir passé en revue les quatre conditions prévues par l'art. 11 al. 4 LCI. Elle se limite cependant à dénoncer l'absence d' "analyse tangible et compréhensible" de ces conditions, sans pour autant démontrer en quoi elles ne seraient pas réunies. Il est ainsi douteux que ce grief satisfasse aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>. Fût-il recevable, ce grief devrait de toute façon être rejeté pour les motifs suivants.
3.2.1. A teneur de l'art. 11 al. 4 LCI, le Département peut, après consultation de la Commission d'architecture, autoriser un dépassement du gabarit prescrit par la loi lorsque les constructions prévues :
a) sont édifiées sur des terrains dont la surface libre est suffisante pour préserver les voisins des inconvénients que pourrait impliquer le supplément de hauteur;
b) n'excèdent pas l'indice d'utilisation du sol qui résulterait de la stricte application de la loi;
c) ne nuisent pas à l'harmonie de la silhouette de l'agglomération ni à la perception de sa topographie;
d) se justifient par leur aspect esthétique et leur destination et sont compatibles avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier.
L'art. 11 al. 4 LCI prévoit encore que l'art. 4 al. 1 de la loi sur les commissions d'urbanisme et d'architecture du 24 février 1961 (LCUA; RS/GE L 1 55) est réservé. Il ressort de l'art. 4 al. 1 LCUA que la Commission d'architecture n'est plus consultée lorsque le projet fait l'objet d'un préavis de la Commission des monuments, de la nature et des sites.
3.2.2. En l'occurrence, l'absence d'inconvénients pour les voisins (art. 11 al. 4 let. a LCI) n'a jamais été mise en cause; les voisins n'ont par ailleurs pas fait opposition. S'agissant du respect de l'indice d'utilisation du sol (art. 11 al. 4 let. b LCI), il n'a jamais été sujet à discussion; le Département a rappelé, sans être contredit, qu'il n'existe pas de prescription en matière d'indice d'utilisation du sol pour la zone où est érigé le bâtiment à surélever.
S'agissant de l'absence de nuisance à l'harmonie de la silhouette de l'agglomération et à la perception de sa topographie (art. 11 al. 4 let. c LCI), les juges cantonaux ont exposé les raisons pour lesquelles le projet s'intégrait harmonieusement dans le quartier. En effet, l'instance précédente a retenu que la CMNS avait accordé une réelle importance à l'intégration de la surélévation dans le milieu existant, exigeant notamment que la cinquième façade, soit la toiture de la surélévation, fasse l'objet d'un traitement soigné, en raison de sa visibilité depuis le quartier de Saint-Jean. La cour cantonale a mis l'accent sur le fait que le projet autorisé résultait d'un travail concerté entre la CMNS et les mandataires de la société et que, par conséquent, la CMNS possédait une connaissance globale et approfondie de tous les aspects de cette surélévation; la CMNS avait travaillé à une intégration adéquate de cette dernière à cet endroit particulièrement exposé du bord du Rhône.
Quant à l'aspect esthétique et à la destination (art. 11 al. 4 let. d LCI), la cour cantonale a relevé que la CMNS avait exigé que l'esthétisme offert à la vue, depuis le quartier de Saint-Jean, qui surplombe directement les lieux, soit particulièrement soigné et, notamment, que la toiture de la surélévation s'apparente à une cinquième façade; elle a en outre précisé que l'affectation du projet était compatible avec l'aménagement du quartier, étant donné qu'elle s'inscrivait dans la continuité des logements pour étudiants existants dans le bâtiment.
3.2.3. La Ville de Genève conteste cette appréciation en se fondant sur les préavis défavorables - en particulier sur celui de la Commission d'architecture - selon lequel la surélévation rompt "radicalement avec la continuité du bâtiment altérant ainsi gravement la cohérence globale de l'immeuble".
La cour cantonale a cependant expliqué de manière défendable pourquoi elle se fondait sur le préavis de la CMNS, s'agissant de l'aspect esthétique. En effet, s'appuyant sur les travaux préparatoires (Mémorial du Grand Conseil 2003-2004/XI A 5893; Mémorial du Grand Conseil 2005-2006/V A 3504 et ss), elle a d'abord retenu que lors de l'adoption de ces normes, le souhait du législateur était d'exclure une double consultation de la CMNS et de la Commission d'architecture, afin d'alléger la procédure; cette modification devait également permettre d'éviter les préavis contradictoires. Elle en a déduit, sans arbitraire, que seule la CMNS était compétente pour donner son avis sur des projets régis par la loi genevoise sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 (LPMNS; RS/GE L 4 05) ou situés dans des zones protégées et que la Commission d'architecture ne devait plus être consultée pour ces projets.
La cour cantonale a ensuite rappelé qu'aucune hiérarchie entre les différents préavis n'était requise par la LCI, mais que de jurisprudence cantonale constante une prééminence était reconnue à celui de la CMNS dans la mesure où cette dernière est composée de spécialistes en matière d'architecture, d'urbanisme et de conservation du patrimoine (art. 46 al. 2 LPMNS).
La Cour de justice a encore exposé que le DALE jouissait d'un large pouvoir d'appréciation dans l'octroi des dérogations, que les autorités des recours n'examinent qu'avec retenue. Elle a estimé que le DALE - confronté à deux préavis opposés - n'avait pas excédé ou abusé du pouvoir d'appréciation, en choisissant de suivre le préavis de la CMNS et en délivrant l'autorisation querellée. Pour arriver à ce résultat, la Cour de justice a analysé les différents préavis; elle a pris en compte le fait que le projet litigieux était issu des discussions entre la CMNS et les architectes, qui ont tenu compte des remarques et des souhaits formulés par la CMNS au cours des séances; le principal reproche formulé par les préavis négatifs était précisément la problématique qui a occupé les discussions entre la CMNS et les architectes du projet, soit de trouver une solution permettant à la surélévation de s'intégrer dans le milieu existant.
Pour répondre à cette préoccupation, la cour cantonale a pris en compte le fait que l'architecture du quartier était amenée à évoluer, en particulier sur le sentier des Saules et que c'était précisément l'expression différenciée et asymétrique du projet par rapport à la surélévation déjà réalisée qui avait incité la CMNS à entrer en matière; quant à l'exigence du respect de la continuité du bâtiment, les avis étaient partagés au sein même de la profession, si bien qu'il ne s'agissait nullement d'une exigence absolue; enfin, la surélévation était précisément conçue pour accueillir des universitaires, dans un complexe comprenant non seulement des logements mais également des salles de cours, d'étude et de réunion; ce projet venait terminer l'ensemble du bâtiment existant, qui propose déjà des solutions d'hébergement pour les étudiants; il était ainsi en relation avec l'affectation du bâtiment.
3.2.4. Par conséquent, la cour cantonale pouvait, vu l'argumentation qu'elle a développée, confirmer l'octroi d'une dérogation au gabarit, sans sombrer dans l'arbitraire. Il faut rappeler à cet égard que, s'agissant d'application du droit cantonal, il ne suffit pas de prétendre que la solution inverse serait aussi soutenable, ce que l'on peut envisager ici en raison des prises de position différentes des diverses instances saisies et des services consultés. Le caractère soutenable, voire même préférable, d'une autre solution ne rend pas choquante ou totalement déraisonnable celle retenue par la dernière instance cantonale. En l'occurrence, une application non arbitraire de l'art. 11 al. 4 LCI pouvait conduire au résultat adopté par la cour cantonale. Le grief d'application arbitraire de l'art. 11 al. 4 LCI doit ainsi être rejeté.
3.3. La Ville de Genève affirme ensuite que c'est de manière arbitraire que l'instance cantonale n'a pas examiné l'application de l'art. 11 al. 6 LCI.
Ce grief peut être d'emblée rejeté dans la mesure où l'art. 11 al. 6 LCI prévoit que, afin de permettre des solutions architecturales particulières et améliorer l'insertion dans le site, le Département peut, après consultation de la Commission d'architecture, autoriser l'application de gabarits différents sur les faces d'une construction. Il vise uniquement les gabarits différents sur les faces d'une construction, ce qui représente une situation différente de celle d'une surélévation de la même hauteur pour toutes les faces comme en l'espèce. Il n'y a par conséquent pas d'arbitraire à ne pas faire usage de cette dérogation.
4.
La recourante fait aussi valoir une violation des art. 6 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1 er juillet 1966 (LPN; RS 451), 6, 9 et 17 LAT, dans la mesure où le projet litigieux se situe dans le périmètre "P 17 Quartier de la Jonction" figurant à l'inventaire fédéral ISOS. L'association Patrimoine Suisse Genève avait déjà fait valoir cet argument dans son recours auprès du Tribunal de première instance. La Cour de justice n'a cependant pas traité de ce grief dans son arrêt, celui-ci n'ayant pas été soulevé devant elle. Le DALE et la société estiment que ce nouvel argument n'est pas recevable, dans la mesure où la Ville de Genève ne s'y est jamais référée auparavant.
4.1. La LTF ne prévoit aucune disposition quant aux arguments juridiques que la partie recourante peut faire valoir devant le Tribunal fédéral. Elle connaît certes l'épuisement des instances (cf. <ref-law> pour le recours en matière civile, <ref-law> pour le recours en matière pénale et <ref-law> pour le recours en matière de droit public), mais ne prévoit formellement aucune règle quant à l'épuisement des griefs. Cela signifie donc que, dans la mesure où un nouveau grief se fonde sur l'état de fait retenu et qu'il n'augmente ni ne modifie les conclusions, il devrait en principe être recevable. Cette règle vaut en principe toujours lorsqu'il s'agit de droit fédéral (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156 s.).
4.2. En l'espèce, le DALE et la société ne contestent pas que le quartier dans lequel se situe bâtiment litigieux figure à l'inventaire ISOS. Il s'agit d'ailleurs d'un fait notoire. Dans la mesure où le nouveau grief ne se fonde pas sur un fait nouveau et où il n'augmente ni ne modifie les conclusions, il est recevable.
4.3. Aux termes de l'<ref-law>, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates. Cette protection ne souffre aucune exception lorsqu'elle intervient dans le cadre de l'accomplissement d'une tâche fédérale, au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>; arrêt 1C_488/2015 du 24 août 2016 consid. 4.3). Lorsqu'il n'est, comme en l'espèce, pas question de l'exécution d'une telle tâche, la protection des objets inventoriés est concrétisée par le droit cantonal conformément à l'art. 78 al. 1 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 212 s.; arrêt 1C_488/2015 précité consid. 4.3).
L'inventaire ISOS doit être pris en considération dans la pesée des intérêts de chaque cas d'espèce - y compris lors de l'accomplissement de tâches purement cantonales et communales -, en tant que manifestation d'un intérêt fédéral (THIERRY LARGEY, La protection du patrimoine, in : RDAF 2012 p. 295). Une atteinte demeure possible lorsqu'elle n'altère pas l'identité de l'objet protégé ni le but assigné à sa protection; celui-ci découle du contenu de la protection mentionné dans l'inventaire et les fiches qui l'accompagnent (LARGEY, op. cit., p. 292; JÖRG LEIMBACHER, Commentaire LPN ad <ref-law> n. 5 ss).
En l'occurrence, la question juridique qui se pose est celle de savoir si le fait que le bâtiment litigieux se situe dans un quartier figurant à l'inventaire fédéral ISOS a été pris en considération dans la pesée des intérêts opérée par les instances cantonales.
4.3.1. Le bâtiment supporté par la parcelle n° 145 se trouve dans un quartier qui figure à l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (ISOS); celui-ci fait partie du périmètre "P17 Quartier de la Jonction" et bénéficie d'un objectif de sauvegarde prioritaire (A). L'objectif de sauvegarde "A" préconise la sauvegarde de la substance (conservation intégrale de toutes les constructions et composantes du site, de tous les espaces libres).
Selon le descriptif de l'inventaire fédéral ISOS relatif à la commune de Genève et datant de 1983/1984, le quartier de la Jonction est caractérisé par son mode d'urbanisation rayonnant, centré sur un rond-point, typique du 19 ème siècle. Une rangée de locatifs d' "entrepreneurs", implantée en limite ouest du tissu et créée en liaison avec l'implantation des Transports publics genevois (TPG), présente des qualités historico-architecturales de tout premier plan et souligne le caractère populaire du quartier. Les perturbations les plus récentes (deux immeubles en cours d'achèvement) sont particulièrement graves, dans la mesure où ces constructions ne respectent absolument pas les alignements sur rue existants.
4.3.2. Il est vrai qu'une référence explicite à l'inventaire fédéral ne ressort ni du préavis de la CMNS ni de la décision du DALE. Quant aux instances judiciaires, le Tribunal administratif de première instance a mentionné l'appartenance du quartier à l'ISOS, alors que la cour cantonale ne s'y réfère pas.
Cependant, même si elle ne mentionne pas explicitement l'inventaire ISOS, l'instance précédente a tenu compte du quartier dans lequel se situe la surélévation litigieuse pour opérer sa pesée des intérêts (voir supra consid. 3.2). Elle a retenu en particulier que la surélévation devait s'intégrer dans le milieu existant, raison pour laquelle la CMNS avait exigé notamment que la cinquième façade, soit la toiture de la surélévation, fasse l'objet d'un traitement soigné, du fait de sa visibilité depuis le quartier de Saint-Jean. Elle a aussi relevé que la CMNS possédait une connaissance globale et approfondie de tous les aspects de cette surélévation; la CMNS avait travaillé à une intégration adéquate de la surélévation dans cet endroit particulièrement exposé au bord du Rhône ainsi qu'à l'esthétisme offert à la vue depuis le quartier de Saint-Jean, qui le surplombe directement.
Le besoin de protection du quartier a donc été pris en considération dans le cadre de la pesée des intérêts, ce que les différentes évolutions que le projet a connues sous la direction de la CMNS démontrent. De plus, même si l'inventaire ISOS est dépourvu de force contraignante en l'espèce, le projet litigieux respecte les recommandations de l'ISOS qui préconisent principalement la conservation intégrale de toutes les constructions et l'interdiction de leur démolition puisque les travaux projetés ne modifient pas le bâtiment d'origine.
A cela s'ajoute que la cour cantonale a pris en considération le fait que le bâtiment litigieux figure aussi à l'inventaire cantonal au sens des art. 7 ss LPMNS et que les façades originelles, avant la première surélévation, côté rue, fenêtres comprises, sont protégées.
4.3.3. Pour l'Office fédéral de la culture, les constructions "d'entrepreneurs", modestes et dans une large mesure standardisées, marquent fortement l'image actuelle du quartier de la Jonction par leur sobriété; cette sobriété, qui se traduit par des alignements réguliers ainsi que par une certaine simplicité des volumes et de l'expression architecturale des façades, caractérise fortement l'urbanisme du quartier et l'architecture de ses bâtiments, notamment le front bâti dans lequel est compris le bâtiment concerné.
Au sujet du bâtiment litigieux, l'Office fédéral constate que la précédente surélévation, autorisée en 2007, a déjà altéré la substance du bâtiment, de sorte que l'objectif de conservation ne porte plus que sur la sauvegarde de la structure et du caractère de l'immeuble. En tant qu'elle ne respecte ni les alignements sur la rue ni les gabarits des constructions voisines, la surélévation projetée porterait atteinte à la structure et au caractère du bâtiment concerné. Aux yeux de l'Office, le volume prévu constituerait un empilement de boîtes, qui ne s'harmoniserait ni à la répartition des ouvertures ni à l'expression architecturale des façades des bâtiments caractéristiques du quartier et serait ainsi un élément inadapté au contexte.
La prise de position de l'Office fédéral de la culture ne remet cependant pas en cause le fait que le quartier a été pris en considération dans la pesée des intérêts opérée par les instances cantonales. L'Office met en réalité en avant son appréciation propre et subjective de ce type de surélévation, laquelle divise au demeurant les architectes et les commissions spécialisées. Cette opinion de l'Office, supplémentaire à celle déjà émises dans le cadre de l'instruction de la cause, ne suffit donc pas à démontrer le caractère illicite de l'argumentation du Tribunal cantonal, telle qu'exposée ci-dessus au considérant 4.3.2. De surcroît, il faut rappeler que, confronté à une décision cantonale fondée sur le droit cantonal et raisonnablement motivée, le Tribunal de céans s'impose une retenue dans l'appréciation de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui (cf. <ref-ruling> consid. 6.4 p. 89; <ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 163; <ref-ruling> consid. 3c p. 79).
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Succombant, la commune de Genève, qui agit en tant que propriétaire voisine du projet en cause (cf. consid. 1), doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens à la société intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>). Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles n'a en revanche pas droit à des dépens (<ref-law>).

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la Ville de Genève.
3.
La Ville de Genève versera à la société intimée la somme de 3'000 francs à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la société intimée, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève, à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève, au Patrimoine Suisse Genève, à l'Action Patrimoine Vivant et à l'Association genevoise des locataires (ASLOCA) ainsi qu'à l'Office fédéral de la culture.
Lausanne, le 28 juin 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Tornay Schaller