facts:
Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné Z._ pour escroquerie à une peine pécuniaire de 330 jours-amende à 230 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté des accusations de gestion déloyale et de blanchiment d'argent. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre Z._ d'un montant de 20'000 fr., mis une part des frais s'élevant à 20'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 80'000 francs.
Dans le même jugement, le TPF a condamné U._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé à une peine privative de liberté de 48 mois et à une peine pécuniaire de 270 jours-amende à 150 fr. le jour avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de complicité de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre U._ d'un montant de 204'109'183 fr., mis une part des frais s'élevant à 80'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 60'000 francs.
Le TPF a condamné V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à une peine privative de liberté de 46 mois et à une peine pécuniaire de 255 jours-amende à 250 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre V._ d'un montant de 36'047'967 fr., mis une part des frais s'élevant à 80'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 70'000 francs.
Le TPF a condamné W._ pour escroquerie, gestion déloyale aggravée et blanchiment d'argent répété et aggravé à une peine privative de liberté de 52 mois et à une peine pécuniaire de 285 jours-amende à 42 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre W._ d'un montant de 383'646'706 fr., mis une part des frais s'élevant à 100'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 20'000 francs.
Le TPF a condamné X._ pour escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et blanchiment d'argent à une peine privative de liberté de 37 mois et à une peine pécuniaire de 205 jours-amende à 50 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre X._ d'un montant de 3'908'086 fr., mis une part des frais s'élevant à 60'000 fr. à sa charge et alloué une indemnité au défenseur d'office de X._ de 219'955 fr. 75 TVA non comprise.
Le TPF a condamné Y._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé, à une peine privative de liberté de 36 mois, dont 16 ferme, et à une peine pécuniaire de 200 jours-amende à 43 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de complicité de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre Y._ d'un montant de 12'439'383 fr., mis une part des frais s'élevant à 60'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 55'000 francs.
Le TPF a classé la procédure s'agissant de A._ (en raison de son décès), prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre la communauté héréditaire de feu A._ d'un montant de 77'990'635 fr. et admis, dans son principe uniquement, le droit de la communauté héréditaire de feu A._ à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
Le TPF a en outre prononcé la confiscation de différents montants sur divers comptes, maintenu et levé différents séquestres.
B.
Les faits essentiels ressortant du jugement attaqué sont les suivants.
Protagonistes de l'affaire
B.a. Les différents prévenus et sociétés intervenant dans la présente affaire sont les suivants.
B.a.a. La société Mostecka Uhelna Spolecnost A.S. (ci-après: MUS) était une société minière tchèque active dans la production et la distribution d'énergie charbonnière produite dans le bassin houiller de la Bohême septentrionale, autour de la ville de Most. Elle a été constituée le 1er novembre 1993 (numéro d'identification www) par la réunion de trois anciennes entreprises d'Etat tchèques et inscrite le même jour au Registre du commerce, avec siège à Most et un capital social de 8'835'898'000 CZK divisé en 8'835'898 actions (1'502'102 actions nominatives et 7'333'796 actions au porteur) ayant chacune une valeur nominale de 1'000 CZK. Son unique fondateur était le Fonds du Patrimoine national de la République tchèque (ci-après: FNM, organisme chargé de gérer les participations de l'Etat tchèque, notamment leur transfert à des personnes privées ou à des entités publiques), lequel a libéré la totalité du capital social le 1er novembre 1993, notamment par l'apport de biens matériels énumérés dans l'acte de fondation de MUS. Le capital social de 8'835'898'000 CZK correspondait au prix (dont l'estimation est citée dans le projet de privatisation) des biens mobiliers et d'autres biens des anciennes sociétés nationales mentionnés dans l'acte de fondation. Au jour de sa création, MUS était ainsi détenue exclusivement par l'Etat tchèque. Par la suite, le FNM a cédé 1'585'644 actions au porteur (représentant un total d'environ 17,94% du capital social) à près de 100'000 personnes physiques dans le cadre d'une privatisation dite «par coupons»; il a également cédé 2'100'183 actions au porteur (représentant un total d'environ 23.76% du capital social) à 132 fonds d'investissement. Jusqu'en février 1998, MUS était majoritairement détenue par des entités publiques tchèques. En effet, 46,29% des actions (4'089'763 actions) étaient encore détenus par l'Etat tchèque via le FNM et 8,88% (795'230 actions) par diverses villes et communes tchèques.
B.a.b. Z._ est né le... 1927 à Klerken-Houthulst (Belgique). Il est titulaire de diplômes universitaires en droit (Louvain), économie (Cambridge et Louvain) et sciences politiques et administratives (Louvain). Entre 1963 et 1992, il a donné des cours d'économie au sein des universités de Louvain et de Namur. Dès 1957, il est entré au service de la Banque Nationale Belge, dont il a dirigé le département de la recherche avec le titre de Deputy Director entre 1971 et 1973. De novembre 1973 à septembre 1991, il a exercé la fonction de directeur exécutif de la Banque mondiale, de L._ et de M._. De novembre 1973 à avril 1994, il a exercé la fonction de directeur exécutif du Fonds monétaire international (FMI). Comme directeur exécutif du FMI et de la Banque mondiale, Z._ a présidé un groupe de pays composé notamment de la Belgique, la République tchèque, la Slovaquie, la Slovénie, l'Autriche, le Luxembourg, la Hongrie et la Turquie. D'avril 1994 à septembre 1996, il a exercé l'activité de consultant, offrant des services de conseil financier et économique et de représentation. Z._ a été directeur du groupe E._ à Washington de septembre 1996 à mai 1998 puis, de septembre 1999 à 2003, président de ce même groupe. Il a également été administrateur d'Ea._ (siège à Fribourg, Suisse). Z._ a été membre du Conseil de surveillance de MUS du 31 août 1999 au 31 août 2002, date de sa démission.
B.a.c. Le 19 juin 1995, W._ a été nommé au conseil d'administration de MUS. Il a occupé la fonction de président de ce conseil du 28 août 1998 au 28 août 2000. À compter du 1er septembre 2002, il a quitté ce conseil et commencé à siéger au conseil de surveillance de MUS, où il a occupé la fonction de président dès le lendemain et ce jusqu'au 20 août 2003.
B.a.d. X._ a été membre du conseil d'administration de MUS du 19 juin 1995 au 30 août 2000, y exerçant la fonction de président jusqu'au 28 août 1998, puis celle de vice-président jusqu'au 25 août 2000. À compter du 31 août 2000, il a siégé au conseil de surveillance de MUS jusqu'au 20 août 2003.
B.a.e. A._ a occupé le poste de directeur des ressources humaines au sein de MUS, puis un siège au conseil d'administration de cette société du 11 juillet 1997 au 2 septembre 2002. A._ a occupé la fonction de vice-président de ce conseil du 25 août 2000 au 2 octobre 2000, puis celle de président du même conseil dès cette dernière date. Il est décédé le... 2013.
B.a.f. Y._ a fait des études de droit à l'Université; il était spécialisé dans le domaine du droit financier. En 1992, Y._ est devenu négociant en titres (courtier) avec licence. En 1993, il s'est vu proposer de participer à la création de la société de conseil et d'investissement D._, projet de W._, investisseur au travers de la société K._
B.a.g. A partir de 1996, U._ a occupé le poste d'adjoint du Directeur général Y._, au sein de D._. De 2002 à 2007, U._ a déclaré avoir travaillé à partir de la Suisse comme employé au service de la société E._. Il a toutefois refusé d'expliquer comment il en était venu à travailler pour ce groupe E._, si quelqu'un l'avait recruté ou s'il avait participé à l'acquisition d'actions de MUS pour E._. Entre 2002 et 2008, U._ était domicilié dans le canton de Fribourg. Son unique source de revenu a consisté durant cette période en une activité salariée, dans un premier temps auprès de la société F._ jusqu'au 30 juin 2004, puis auprès de la société Ea._. La société F._ avait pour administrateur l'avocat fribourgeois G._. La société suisse Ea._ avait quant à elle pour administrateur V._. Durant les débats, U._ a refusé d'indiquer comment il avait fait la connaissance et en était venu à collaborer professionnellement tant avec G._ qu'avec V._; il a également refusé d'indiquer en quoi consistait son travail auprès des deux sociétés susmentionnées.
B.a.h. En 1997, V._ a fondé l'entreprise en raison individuelle H._ à Villars-sur-Glâne (canton de Fribourg), dont le but statutaire était le conseil en gestion et en organisation et le conseil juridique. Dans ce cadre, il dit avoir commencé à travailler avec différents clients de nationalité tchèque dont il a affirmé ne plus se souvenir des noms. Son activité consistait en du service de consulting. Entendu par le Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC) le 19 février 2008, V._ a déclaré qu'à cette époque, il travaillait exclusivement pour le groupe E._, mais ne plus se souvenir à partir de quelle date. L'entreprise en raison individuelle H._ a été radiée du Registre du commerce du canton de Fribourg le 15 mai 2008. V._ a été membre du comité de surveillance de MUS du 28 août 1998 au 31 août 2002. En 2008-2009, il était administrateur de la société Ea._ à Fribourg.
B.a.i. Le groupe N._ est un groupe financier tchèque établi à Prague en 1994, chapeauté par D._, fondée le 22 avril 1994, active dans le conseil financier, principalement le conseil en investissement aux fonds de pension. W._ a été l'un des co-fondateurs du groupe N._ et de D._, qu'il a détenu et contrôlé avec Y._. Le groupe N._ comprenait également R._. Entre le 21 avril 1999 et le 9 mars 2000, S._ (via T._) a acquis la totalité des actions de D._.
B.a.j. S._ a été fondée le 13 mai 1997 à l'Ile de Man, avec un capital-actions de 2'000 GBP et pour administrateur AA._. L'adresse de S._ était celle d'une société du groupe T._, société fiduciaire à l'Ile de Man. À sa fondation, S._ appartenait à U._ et Y._, à raison de 50% chacun. En 1998, S._ était détenue, au travers de divers sociétés-écran, par W._, X._, A._, U._ et Y._.
B.a.k. PP._ a été créée sur la base d'un contrat fiduciaire et de domiciliation signé le 24 mars 1997 à Fribourg par W._, X._ et A._ (mandants), d'une part, et V._ (mandataire), d'autre part. Par ce contrat, V._ s'est engagé à «fonder en nom des mandants dans le canton de Fribourg une société anonyme selon le droit suisse et selon les conditions des parties». Les mandants y ont chargé le mandataire «d'exercer en son nom mais pour le compte des seuls mandants toutes les tâches liées à la gestion et l'administration de la société». V._ y a accepté d'être l'unique administrateur de la société avec signature individuelle (une action à son nom devant être déposée au siège de la société par les mandants) et «s'engage[ait] à n'administrer la société que sur les seules instructions des mandants». En application de ce contrat fiduciaire, V._ et deux avocats domiciliés dans le canton de Fribourg ont constitué PP._ par-devant un notaire fribourgeois en date du 5 avril 1997. La société a été fondée avec un capital-actions de 2'000'000 fr., divisé en 100 actions de 20'000 fr. avec restriction à la transmissibilité (selon l'article 5 des statuts). V._ a souscrit à titre fiduciaire 98 actions et les deux autres fondateurs une action chacun, également à titre fiduciaire. Les fondateurs ont produit une attestation délivrée le 2 avril 1997 par la banque QQ._, aux termes de laquelle 2'000'000 fr. avaient été déposés auprès d'elle à la disposition exclusive de PP._. Ce montant avait été versé le 27 mars 1997 via un compte ouvert auprès de RR._ à Zurich dont l'unique ayant droit économique était W._, qui disposait seul du droit de signature pour cette relation. Selon un extrait du registre des actions de PP._ daté du 5 avril 1997 et signé de la main de V._, celui-ci détenait à cette date une action et W._, X._ et A._ en détenaient 33 chacun. Selon V._, le personnel de PP._ était en principe de deux personnes, soit lui-même en tant qu'administrateur et une secrétaire. Dans la gestion de PP._, V._ a agi sur instructions des actionnaires de ladite société.
Aux termes d'une convention de fiducie signée à Fribourg le 13 juillet 1998, les mandants W._, X._ et A._ ont donné instruction au mandataire V._ de procéder à l'augmentation du capital-actions de PP._ de 2'000'000 fr. à 3'600'000 fr., et de souscrire pour leur compte les 80 nouvelles actions nominatives de 20'000 francs. Le même jour, W._, X._ et A._ ont donné mandat à V._ de transférer en leur nom et pour leur compte 179 actions nominatives de PP._ à la société S._. Ainsi, le registre des actions de PP._ au 17 octobre 1998 faisait état de l'actionnariat suivant: S._ pour 179 actions nominatives de 20'000 fr. (3'580'000 fr.) et V._ pour une action nominative de 20'000 francs. A noter que l'augmentation de capital a également été libérée au moyen de fonds provenant du compte susmentionné ayant W._ pour unique ayant droit économique et titulaire du droit de signature. Le 17 octobre 1998, un contrat de fiducie a encore été passé entre S._ et V._, par lequel ce dernier s'est engagé, en lien avec l'administration de PP._, à agir sur instructions, pour le compte et dans l'intérêt exclusif de S._.
SS._ (siège à Prague) a été fondée le 4 juin 1997. Elle a pour fondateur et actionnaire unique la société suisse PP._. Du jour de sa fondation, elle a été administrée par TT._.
B.a.l. Le groupe E._1, de siège au Delaware/USA, a été détenu et dirigé par AAA._, financier américain de grande envergure. Le groupe E._1 était une structure au travers de laquelle AAA._ procédait à des investissements en Europe. Ce groupe employait au total une trentaine de personnes, dont des économistes et financiers de haut niveau; il disposait de luxueux bureaux à Washington. Z._, qui s'était mis au service de ce groupe après avoir quitté le FMI en 1994, était autorisé à représenter ce groupe.
Le groupe E._2 était constitué de différentes sociétés ayant le nom E._ dans leur raison sociale, sans toutefois qu'elles ne soient liées au groupe E._1 (comme Ef._, Eg._, Ec._, Eb._). En effet, à une date postérieure au contrat de portage du 18 avril 1998 (cf. à son sujet infra consid. B.d.c), AAA._ a cédé la marque E._ à V._. Plusieurs sociétés du groupe E._2 ont été fondées ou administrées par Z._, sur mandat de V._, afin d'entretenir la confusion avec le groupe E._1. Il ne s'agissait toutefois que de sociétés de domiciliation, en ce sens qu'elles n'exerçaient pas d'activité de commerce ou de fabrication, ou une autre activité exploitée en la forme commerciale; leur unique fonction était de servir d'écran à leurs ayants droit économiques, en détenant des valeurs patrimoniales leur appartenant, notamment via des comptes bancaires suisses. Dans la plupart des cas, V._ bénéficiait d'un droit de signature en rapport avec ces comptes. Le cercle des ayants droit économiques des sociétés du groupe E._2 correspondait à celui du groupe S._. En résumé, le groupe E._2 était une structure de coquilles vides servant d'instruments à ses ayants droit économiques, dont le cercle coïncidait avec celui de S._.
Acquisition de 49,98% des actions MUS
B.b. En substance, entre fin 1996 et mai 1998, W._, X._, A._, tous trois membres du conseil d'administration de MUS, U._ et Y._ sont parvenus à s'emparer de la quasi-majorité des actions MUS, payées grâce aux liquidités qui avaient été détournées de MUS au travers d'un contrat de crédit signé avec D._ le 2 janvier 1997, société tchèque appartenant à W._ et Y._ et dirigée par ceux-ci et U._.
Assemblée générale extraordinaire de MUS du 24 avril 1998
B.c. Le 24 avril 1998 s'est tenue à Svincice (District de Most) une assemblée générale extraordinaire de MUS, convoquée à la demande du FNM et réunissant 8'514'657 actions (soit 96,4% du capital social de MUS). Parmi les actionnaires présents, le FNM détenait 4'089'763 actions (soit 46,29% du capital de MUS et environ 48,02% des voix présentes), SS._ en détenait 2'649'701 (soit environ 31,12% des voix présentes) et le fonds d'investissement de la banque B._ en détenait 1'766'627 (soit environ 20,74% des voix présentes).
Au cours de cette assemblée du 24 avril 1998, trois propositions émanant du FNM ont été soumises au vote. La première consistait à augmenter statutairement le nombre des membres du conseil d'administration, le faisant passer de six à sept. La seconde consistait à révoquer chacun des membres du conseil d'administration de MUS, à l'exception de X._. La troisième consistait à révoquer chacun des membres du conseil de surveillance de MUS. Le FNM a été systématiquement et de même manière minorisé au cours des votes. Ainsi, ne recueillant que 48,1% des voix, les trois propositions ont été rejetée. En outre, au moment de pourvoir le sixième poste vacant au conseil d'administration de MUS, l'assemblée a donné sa préférence, à 51,9% des suffrages, au candidat proposé par SS._ (à savoir TT._, administrateur de SS._), au détriment de celui mis en avant par le FNM.
Acquisition des 46,29% d'actions MUS appartenant à l'Etat tchèque (via le FNM)
B.d. En substance, W._, X._, A._, U._ et Y._, avec l'aide de V._ et de Z._, ont fait croire à l'Etat tchèque qu'un investisseur étranger, soit le groupe E._1, avait acquis la majorité des actions MUS au moyen de ses propres deniers et souhaitait acquérir la part de 46,29% appartenant au FNM, toujours grâce à ses propres deniers, incitant dit Etat à vendre ses 46,29% d'actions qui plus est à vil prix. En réalité, W._, X._, A._, U._ et Y._ étaient les véritables titulaires de la majorité des actions qu'ils avaient acquises grâce aux fonds versés par MUS elle-même (sur la base du contrat du 2 janvier 1997) et c'était eux qui cherchaient à s'emparer de la part du FNM qu'ils allaient payer à nouveau au moyen de fonds détournés de MUS.
B.d.a. Z._ s'est mis au service du groupe E._1, de siège au Delaware/USA, après avoir quitté le FMI en 1994. E._1 était détenu et dirigé par AAA._, qu'il décrit comme un financier américain " de grande envergure, co-fondateur du groupe SSS._, connu loin à la ronde, également par les transactions spectaculaires qu'il avait conduites, notamment lors de la recapitalisation de la TTT._ et d'AAAA._ ". Toujours selon Z._, la fortune de AAA._ était de plusieurs milliards de dollars et le groupe E._1 était une structure au travers de laquelle AAA._ procédait à des investissements en Europe. Ce groupe employait au total une trentaine de personnes, dont des économistes et financiers de haut niveau; il disposait de luxueux bureaux à Washington. Z._ était autorisé à représenter ce groupe (jugement attaqué p. 133).
B.d.b. Le 8 janvier 1998, Eh._ (société du groupe E._1, de siège au Delaware, USA), représentée par Z._, a passé avec PP._, représentée par V._, un contrat intitulé «Investment advisory and provision of services including business trust agreement» (pièces 13-03-00-0026 à 0029). Aux termes de ce contrat, Eh._ chargeait PP._ de la conseiller relativement à ses investissements en République tchèque et de gérer lesdits investissements. En particulier, PP._ recevait le pouvoir de gérer l'investissement du groupe E._1 dans MUS (jugement attaqué p. 127 s.).
B.d.c. Le 18 avril 1998, Eh._ (représentée par Z._) a passé avec PP._ (représentée par V._), un contrat intitulé «contrat de portage» (pièces 07-03-04-0262 à 0269) et assorti d'une convention de confidentialité. En substance, il ressort des différentes clauses de ce contrat (cf. pour le détail des clauses: jugement attaqué p. 128 ss) que la société Eh._ s'engageait à apparaître publiquement, en particulier dans le contexte économico-politique et médiatique tchèque, comme la propriétaire des actions MUS déjà en mains de PP._ et comme l'acquéreur des actions MUS. Elle s'engageait en outre à faire apparaître PP._ et SS._ comme ses mandataires. Ces informations devaient en particulier être communiquées aux autorités tchèques et aux médias via des communiqués ou des conférences de presse.
Au sujet de ce contrat, Z._ a indiqué que le groupe E._1 n'avait pas investi, ni mis à disposition de liquidités pour acquérir des actions de MUS, de sorte que le contrat du 18 avril 1998n'était techniquement pas un contrat de portage, mais un contrat de prête-nom; Z._ a déclaré que son rôle se bornait à faire croire qu'il était le représentant d'investisseurs américains qui, en réalité, n'apportaient pas de fonds et qu'en résumé, E._1 avait reçu 1'000'000 USD pour prêter son nom à PP._, à l'exclusion de toute autre prestation. Toujours selon Z._ «le but essentiel» du contrat du 18 avril 1998 «était de ne pas manifester devant l'opinion tchèque à ce moment, que des investisseurs privés tchèques devenaient propriétaires de la mine»; «il était absolument important que l'on ne sache pas que les propriétaires de MUS étaient des tchèques. (...) cela aurait suscité des questions dans l'opinion publique et il aurait ainsi été certainement très difficile d'acquérir rapidement MUS», en ce sens qu'une enquête sur l'origine des fonds aurait certainement été ouverte (jugement attaqué p. 133).
B.d.d. En exécution de ce contrat, Z._, qui disposait d'une excellente réputation en raison notamment de ses anciennes fonctions au FMI, a représenté E._1 en tant que candidat à l'achat des actions MUS auprès des autorités légales et des syndicats et a entretenu des contacts avec les médias, notamment via des conférences de presse (jugement attaqué p. 130). Il a en particulier fait des déclarations conformes aux engagements précités, notamment au Ministre tchèque du commerce et de l'industrie, BBBB._ et au Ministre des finances CCCC._, soit auprès des deux ministres qui ont présenté au gouvernement tchèque le projet d'arrêté accompagné d'un rapport de présentation concernant la vente des actions MUS. BBBB._ a d'ailleurs déclaré que Z._ s'engageait avec une grande intensité dans les activités visant l'achat de la participation de 46,29% de MUS détenue par le FNM, plaidant en faveur de PP._ et du groupe E._1. Quant à CCCC._ il a déclaré avoir eu contact avec Z._ comme représentant d'E._1 qui lui avait indiqué que ledit groupe était propriétaire d'une participation majoritaire dans MUS, via PP._ et lui avait assuré qu'E._1 s'intéressait au rachat complet de MUS. Le Premier Ministre DDDD._ a relevé que Z._ se présentait comme quelqu'un qui recommandait vivement le groupe E._1. Il a ajouté qu'il avait compris que c'était cette société qui allait apporter des fonds sans quoi il ne se serait pas entretenu avec celle-ci. En outre, le fait qu'un ancien patron du FMI se soit investi au sein du groupe E._1 était une référence importante pour lui, comme pour les personnes appelées à voter l'arrêté du 28 juillet 1999. Le fait que l'acquéreur était une société étrangère était également considéré comme un certain atout pour le vote en faveur de la vente (jugement attaqué p. 131 s.).
B.d.e. Le 16 novembre 1998, agissant au nom de PP._ prétendant elle-même agir au nom et pour le compte du groupe E._1, V._ a offert à l'Etat tchèque 650'000'000 CZK en contrepartie de la participation dans MUS détenue par cet Etat. V._ précisait que le groupe E._1 avait pour objectif d'être pour MUS un partenaire à long terme et de lui apporter «non seulement le know how nécessaire, mais également la stabilité financière indispensable pour son positionnement sur le marché». Il indiquait également que le groupe E._1 pensait que la position des représentants de la République tchèque était " favorable à la mise en place d'une collaboration " (jugement attaqué p. 66).
B.d.f. Le 3 décembre 1998, le groupe E._1 a réitéré son offre auprès du Ministre tchèque des finances, dans une lettre portant l'en-tête de SS._ et co-signée par Z._ pour le groupe E._1. Selon cet écrit, le groupe E._1 avait «acquis par le biais de la société SS._ une participation de 49,98% dans MUS et [est] devenu ainsi son plus grand actionnaire», et avait «pris la décision de créer en République tchèque la tête de pont pour [ses] activités d'investissement en Europe orientale». Le groupe E._1 déclarait que sa participation dans MUS serait prochainement supérieure à 50%, ce qui l'obligerait à présenter une proposition d'achat des participations restantes. Il a exposé qu'il considérait correct d'adresser une proposition d'achat directement au FNM, en sa qualité de deuxième plus grand actionnaire de MUS avec une participation de 46,29%. Il a enfin précisé qu'il était prêt à proposer à la République tchèque un montant global équivalant à 650'000'000 CZK, en contrepartie des parts qu'elle détenait dans le capital-actions de MUS. Toujours dans cette lettre du 3 décembre 1998, le groupe E._1 a réitéré son intention «d'être pour MUS un partenaire à long terme et de lui apporter non seulement le know how, mais également la stabilité financière indispensable pour son positionnement sur le marché». Il s'est par ailleurs engagé à atteindre son objectif par un investissement de l'ordre de 350'000'000 USD, tout en déclarant «part[ir] de l'hypothèse que le gouvernement de la République tchèque poursuivra sa stratégie économique actuelle, dont la création des conditions favorables pour les investisseurs étrangers sérieux». Il y a enfin fait part de «l'engagement futur des actionnaires de contribuer de façon optimale à la création d'une position stable sur le marché européen intégré» (jugement attaqué p. 66).
B.d.g. Le 7 juin 1999, PP._ (par V._) a écrit à l'adjoint du Ministre tchèque du commerce et de l'industrie, pour lui indiquer que le " groupe d'investissement " représenté par SS._ était propriétaire à ce jour de 50.026% de MUS, et pour présenter son offre d'achat obligatoire des actions de MUS détenues par l'Etat tchèque, au prix de 128 CZK par action. Dans la même lettre, V._ a ajouté: " Nous vous communiquons simultanément que nous sommes prêts à accepter l'engagement de fournir une subvention d'un montant de 125 millions CZK en faveur de l'Agence de Revitalisation pour la Bohême septentrionale que l'Etat se prépare à mettre sur pied. Cette subvention ne comprend pas l'apport par MUS déjà convenu dans le capital social de l'Agence de Revitalisation à hauteur de 50 millions CZK (34% du capital social) " (jugement attaqué p. 66 s.).
Le 9 juin 1999 a été publiée au Bulletin tchèque du commerce une offre publique d'achat de PP._ portant sur les actions de MUS publiquement négociables. PP._ annonçait détenir une participation supérieure à 50% dans MUS. Son offre demeurait valable jusqu'au 14 août 1999, au prix de 128 CZK par action (jugement attaqué p. 67).
B.d.h. Le 14 juillet 1999, PP._ a toutefois confirmé à l'Etat tchèque la validité de son offre initiale de racheter la totalité des actions détenues par le FNM au prix de 650'000'000 CZK, soit 24% de plus que le prix légal de l'offre obligatoire d'achat, payable en une seule fois (jugement attaqué p. 67).
B.d.i. A la suite de ces offres, courant juillet 1999, le Ministre tchèque du commerce et de l'industrie BBBB._ et le Ministre des finances CCCC._ ont présenté au gouvernement tchèque un projet d'arrêté accompagné d'un rapport de présentation.
Aux termes du rapport de présentation, SS._, décrite comme une filiale de la société suisse PP._, qui elle-même représentait le groupe américain E._1, avait réussi à réunir 49,98% des actions de MUS en avril 1998. Au début du mois de juin 1999, SS._ avait par ailleurs «accédé au rachat d'une part mineure des actions de MUS sur le marché des capitaux et a augmenté sa part dans le capital social à 50,026%». Dans son projet, le Ministère du commerce et de l'industrie a recommandé au gouvernement tchèque d'accepter l'offre de 650'000'000 CZK du groupe E._1 en contrepartie des 4'089'763 actions de MUS détenues par l'Etat tchèque via le FNM. Il a relevé le caractère «bienveillant» de l'offre directe à un prix supérieur de 24% à celui de l'offre publique d'achat. Il a également insisté sur la déclaration d'engagement à long terme de l'investisseur américain. Le Ministre du commerce a par ailleurs mis en avant le peu d'intérêt, pour la République tchèque, de conserver une position minoritaire dans MUS. Selon lui, une telle participation donnait pratiquement tout au plus le droit de demander la convocation d'une assemblée générale à laquelle l'Etat tchèque serait minoritaire et le droit à un dividende, si la société dégageait un bénéfice et à la condition que l'actionnaire majoritaire décide du versement d'un dividende. Il a en particulier relevé que la participation de l'Etat tchèque ne lui permettait pas de prendre part à la direction et au contrôle de MUS par l'intermédiaire de ses représentants sans l'accord de l'actionnaire majoritaire. Il a enfin noté que, de son point de vue et dans cette situation, un meilleur prix ne pouvait être obtenu par un autre mode de vente des actions, notamment par concours public. Le Ministre du commerce a proposé en conclusion au gouvernement tchèque d'accepter l'offre de PP._. Le Ministre tchèque des finances s'est distancié du point de vue de son collègue tant sur la question de l'intérêt pour la République tchèque de conserver sa participation de 46,29% dans MUS que sur celle de la valeur de ces actions. Selon lui, la part importante de l'Etat tchèque dans le capital de MUS lui permettait, par l'intermédiaire du FNM, de disposer de fait d'une sorte de droit de veto sur les questions importantes (p. ex. modification des statuts, augmentation ou réduction du capital social, dissolution ou modification de la société, fusion ou scission) qui exigeaient une majorité de deux tiers de l'assemblée générale et qui pouvaient avoir un impact sur des questions d'intérêt national, notamment sur l'emploi. Au contraire de son collègue, le Ministre des finances a en outre expliqué que, selon lui, la valeur de marché de l'action MUS devait être déterminée par la méthode du concours public ou de l'offre de vente publique des actions par l'intermédiaire de la bourse de Prague. Il a par ailleurs relevé que ni les firmes du groupe E._1, ni SS._, ni PP._ n'avaient présenté le moindre projet d'entreprise en relation directe avec le but de l'activité de MUS et que «le projet de vente directe manqu[ait] de référence quant aux activités des acquéreurs mentionnés et quant à leur stabilité financière ». En conclusion, le Ministère des finances a pris acte de la recommandation du Ministre du commerce et de l'industrie de vendre la participation de l'Etat tchèque dans MUS, mais a préconisé la vente des actions de MUS par concours public à critère unique ou par la méthode d'offre publique, mais non la vente directe, eu égard à ses réserves relatives à l'offre de PP._ (jugement attaqué p. 67 s.).
B.d.j. Par arrêté n° 819 du 28 juillet 1999, le gouvernement tchèque a approuvé à l'unanimité des votants la vente des 4'089'763 actions de MUS (représentant une participation de 46,29% détenue via le FNM) à PP._ au prix de 650'000'000 CZK. De l'enregistrement audio de la séance y relative il ressort que le Ministre des finances CCCC._ a commencé par expliquer que l'Etat avait perdu de manière «idiote» la majorité dans MUS, qu'il a qualifiée de «société importante» et qu'un autre actionnaire détenait une participation majoritaire (soit plus de 50%) dans MUS.
Toujours selon CCCC._, cet actionnaire majoritaire avait présenté une première offre pour la participation de 46,29% dans MUS détenue par la République tchèque de 580'000'000 CZK, prix qu'il a qualifié à la fois de «correspondant à la moyenne de prix de marché» et de «vraiment relativement peu d'argent [pour près de la moitié de MUS]». CCCC._ poursuivait en disant que l'actionnaire majoritaire avait ensuite amélioré son offre initiale par «une offre spéciale» de 650'000'000 CZK, dépassant de quelque 24% le prix du marché, et que le Ministère du commerce et de l'industrie proposait d'accepter cette offre et de se débarrasser du problème de MUS. CCCC._ a ensuite rappelé que le Ministère des finances avait soumis une alternative, consistant à refuser l'offre de 650'000'000 CZK présentée par l'actionnaire majoritaire et à organiser un appel d'offres standard. CCCC._ a toutefois déclaré se distancier de la position de son Ministère, au motif que l'actionnaire majoritaire était vraiment le seul à s'intéresser à la participation minoritaire détenue par la République tchèque et qu'il était donc susceptible de présenter des conditions inférieures à 650'000'000 CZK, si ce prix devait être refusé. Et CCCC._ de poursuivre en disant que, certes, «nous pouvons être accusés de vendre très bon marché, ce qui est vrai», au vu notamment du capital social de MUS et de l'étendue de ses moyens d'investissement, mais que «toutefois, ce qui compte sur le marché, c'est le prix de marché et non pas ce que l'on y a versé, et il est vrai qu'à l'heure actuelle, le prix de marché des actions est bas». Après cette présentation, le Premier Ministre DDDD._ a ouvert la discussion. Le Président du FNM a qualifié de claire la situation où l'Etat détient une participation minoritaire, alors qu'un autre actionnaire détient une participation supérieure à 50%: «il est difficile de vouloir trop choisir et (...) je pense que cela mérite de réfléchir sérieusement, et il n'est pas certain que, dans l'avenir, on recevrait une offre autant bonne que celle que nous avons sur la table aujourd'hui. Bien que je ne dise pas que dans le passé, on n'aurait pas pu vendre nettement mieux. Mais il est trop tard». Le Ministre du commerce et de l'industrie BBBB._ a ensuite pris la parole pour répéter qu'«un actionnaire privé a[vait] réussi à racheter plus de 50%» et que si son offre à 650'000'000 CZK était refusée, cet actionnaire serait susceptible de former ultérieurement une offre plus basse, parce qu'il est l'unique candidat à l'achat de la participation détenue par la République tchèque: «alors je n'aime vraiment pas du tout le faire, c'est contre mon gré que je soumets une proposition de ce genre, mais (...) franchement, je crains que cela puisse encore être pire». BBBB._ a également précisé, au sujet de l'actionnaire majoritaire: «il n'a en rien caché son intention qu'il voulait d'un côté gérer, mais aussi contrôler la société tout à fait indépendamment, sans autres actionnaires, et il le disait dès le début». FFFF._, Ministre de l'intérieur, responsable notamment de la coordination des services de renseignements de 1998 à 2000, a ensuite pris la parole pour indiquer que le transfert d'actions de MUS avait fait l'objet par le passé d'une «dénonciation pénale (...) déposée de la part du service de renseignement et de sécurité», laquelle était toujours pendante. FFFF._ a poursuivi: «actuellement, c'est le quatrième investigateur qui s'en occupe, la compétence a changé à plusieurs reprises, alors aucune chance que l'on puisse changer la situation de cette façon». Il fut alors interrompu comme suit par le Premier Ministre DDDD._: «je signale toutefois à Monsieur le Ministre de l'intérieur, que c'est toujours au niveau de l'investigateur de police, alors je clos le débat» (jugement attaqué p. 69 s.).
B.d.k. La décision du gouvernement tchèque du 28 juillet 1999 a été exécutée par contrat du 20 août 1999 entre le FNM et PP._, après que PP._ a payé l'intégralité du prix (650'000'000 CZK; valeur 28'603'000 fr., resp. 18'835'100 USD) au FNM le 19 août 1999, depuis un compte ouvert à son nom. PP._ avait elle-même reçu ces fonds entre le 5 avril et le 11 août 1999, en provenance de la société GGG._, laquelle les avait reçus de DDD._, laquelle les avait reçus de MUS (jugement attaqué p. 71).
B.d.l. Plusieurs sociétés ayant le nom E._ dans leur raison sociale ont été fondées et ont possédé les actions MUS après leur acquisition par PP._ (par exemple Ef._, Eg._, Ec._), formant le groupe E._2 (cf. jugement attaqué p. 79 ss, en particulier p. 83 ss; p. 134 ss; pour les détails cf. p. 295 ss). Certaines d'entre elles ont été fondées ou administrées par Z._, dont une de siège au Delaware, sur mandat de V._, et en exécution du contrat de portage. A une date postérieure au contrat de portage, AAA._ a cédé la marque E._ à V._ (jugement attaqué p. 137).
B.d.m. Aux termes du SCP, le 20 août 1998, SS._ détenait 4'416'198 action de MUS et R._ 4087, ce qui représentait 50,02% des actions MUS, soit la majorité (jugement attaqué p. 158).
À teneur du § 183b du Code de commerce tchèque (1er alinéa in initio), si les titres de participation de la société sont enregistrés, un actionnaire qui, seul ou avec des personnes impliquées dans une action concertée (§ 66b) acquiert une part des droits de vote qui lui confère la domination de la société (§ 66a), est tenu de soumettre une offre de reprise à tous les autres propriétaires des titres commerciaux de participation de la société visée, dans le délai de 60 jours à compter du jour qui suit l'obtention ou le dépassement de cette part. L'offre de reprise doit être faite à un prix correspondant à la moyenne pondérée, dans les six mois précédant l'acquisition de la participation majoritaire, du cours de l'action concernée (§ 183c du Code de commerce tchèque). Aux termes du § 66b du Code de commerce tchèque (1er et 2e alinéas let. d), des personnes qui forment un groupe, une personne dominante et ses personnes dominées, ainsi que les personnes dominées par une même personne dominante sont présumées être des personnes impliquées dans une action concertée, soit dans une action opérée par deux ou plusieurs personnes qui s'entendent, par exemple dans le but d'acquérir des droits de vote d'une personne définie. En outre, selon le § 66a du Code de commerce tchèque (4e alinéa), les personnes impliquées dans une action concertée qui ont ensemble une majorité des droits de vote dans une personne morale sont des personnes dominantes (jugement attaqué p. 158 s.).
Capitalisation de DDD._ (150 mio USD) et utilisation des fonds
B.e. Entre le 8 décembre 1998 et le 30 avril 2002, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ sont parvenus à s'emparer d'un montant de 150 mio USD, au travers de la société DDD._ et de nombreuses autres sociétés-écrans, provenant des liquidités de MUS, qu'ils ont utilisé dans leur unique intérêt, soit pour le reverser à MUS en remboursement du prêt du 2 janvier 1997 en faveur de D._ (à hauteur de 2'343'829'703 CZK, valeur 63'751'700 USD), payer le prix d'achat de la part de 46,29% des actions MUS appartenant à la République tchèque (à hauteur de 650'000'000 CZK, valeur 18'835'100 USD) et s'approprier le solde (63'563'200 USD) au travers de nombreuses sociétés-écrans.
Après que les prévenus ont pu réunir 97,66% des actions MUS en leurs mains, ils ont procédé à la fusion par absorption de MUS qui a été radiée du Registre du commerce tchèque. La société issue de la fusion a été nommée MUS_2. Ils ont ensuite procédé à une seconde fusion qui a conduit à la radiation de MUS_2 et à la création de MUS_3. Par le jeu des fusions, l'utilisation de nombreuses sociétés-écrans et différentes compensations, les titulaires des actions MUS ont réussi à faire disparaître comptablement la dette relative au versement de 150 mio USD de MUS à DDD._.
Répartitions des bénéfices entre W._, X._, A._, U._, Y._ et V._
B.f. En 2002-2003, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ se sont trouvés en possession de la totalité des actions MUS_2 et de liquidités pour un total de 63'563'200 USD (c'est-à-dire le solde sur les 150 mio USD provenant de DDD._ après " remboursement " du prêt de D._ et paiement des 650 mio CZK à l'Etat tchèque; valeur 111'154'000 fr.).
Le 12 juin 2002, Y._ est sorti du cercle des ayants droit économiques du groupe S._. Les valeurs patrimoniales reçues par Y._ en contrepartie de sa sortie de S._ se sont élevées à au moins 12'439'383 francs.
Le 20 octobre 2004, X._ est sorti du cercle des ayants droit économiques des groupes S._, NN._ et E._2. Sa sortie a eu lieu en contrepartie d'une indemnité de 500'000'000 CZK (valeur 15'878'057 EUR, respectivement 24'349'400 fr. au 21 octobre 2004).
Quant à W._, A._, U._ et V._, il se sont répartis le solde des valeurs patrimoniales. Le TPF a ainsi retenu que W._ avait obtenu un avantage économique de 383'646'706 fr., A._ de 385'818'086 fr., U._ de 207'889'183 fr. et V._ de 36'707'967 francs.
C.
Z._ forme un recours en matière pénale contre le jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Il conclut, avec suite de dépens, principalement à son acquittement, à ce qu'aucune créance compensatrice ne soit prononcée à son encontre, à ce qu'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure jusqu'au jugement entrepris par 198'380 fr. 60 et une indemnité pour tort moral d'un franc symbolique lui soient allouées, à ce que les frais de première instance fédéral soient laissés à la charge de l'Etat et à ce qu'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure devant le Tribunal fédéral par 19'930 fr. lui soit allouée. Subsidiairement, il conclut à l'admission du recours et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouveau jugement au sens des considérants. Il requiert par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé se référant à son jugement cependant que le MPC a conclu à son rejet. Z._ s'est déterminé sur ces écritures par courrier du 24 avril 2017.

considerations:
Considérant en droit :
1.
Le recourant soutient que l'infraction d'escroquerie serait prescrite.
1.1. Au vu des changements législatifs intervenus en relation avec la prescription, il convient de déterminer quel droit est applicable en l'espèce.
1.1.1. L'<ref-law> est une concrétisation du principe de la lex mitior (cf. <ref-law>) s'agissant de la prescription. Selon cet article, les dispositions du nouveau droit concernant la prescription de l'action pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur du nouveau droit si elles sont plus favorables à l'auteur que celles de la loi ancienne. Si, au contraire, la loi nouvelle fixe un délai de prescription plus long, on appliquera la loi ancienne à une infraction commise sous son empire (principe de la non-rétroactivité; cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 51).
1.1.2. Les dispositions en matière de prescription ont été modifiées par la loi du 5 octobre 2001, entrée en vigueur le 1 er octobre 2002 (RO 2002 2993). Avec la révision de la partie générale du code pénal, en vigueur depuis le 1 er janvier 2007 (RO 2006 3459), les dispositions sur la prescription figurent désormais, sans nouvelle modification, aux <ref-law>.
Sous l'ancien droit, l'action pénale se prescrivait par dix ans si l'infraction était passible - comme en l'espèce l'escroquerie - de l'emprisonnement pour plus de trois ans ou de la réclusion (prescription relative; ancien <ref-law>). Ce délai était toutefois interrompu par tout acte d'instruction d'une autorité chargée de la poursuite ou par toute décision du juge dirigée contre l'auteur (ancien <ref-law>). A chaque interruption, un nouveau délai commençait à courir. Néanmoins, l'action pénale était en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire était dépassé de moitié, soit au bout de quinze ans (prescription absolue; ancien <ref-law>).
Les nouvelles dispositions sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, ont supprimé la suspension et l'interruption de la prescription et, en contrepartie, allongé les délais de prescription. Pour les infractions punissables d'une peine privative de liberté de plus de trois ans - telle que l'escroquerie - le délai de prescription est de quinze ans (<ref-law>).
1.1.3. L'infraction d'escroquerie dont la prescription est discutée a été commise entre 1998 et le 28 juillet 1999. Elle a ainsi été commise sous l'empire de l'ancien droit et a été jugée par le TPF postérieurement à l'entrée en vigueur du nouveau droit. En l'espèce, l'application de l'ancien ou du nouveau droit ne conduit pas à une solution différente s'agissant de la durée du délai de prescription. Celui-ci est de 15 ans sous les deux régimes, dès lors qu'il n'est pas contesté que le délai de prescription relatif a été régulièrement interrompu (cf. ancien art. 70 et 72 ch. 2 CP). En l'occurrence, le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013 a été rendu avant la fin du délai de prescription absolue de 15 ans, échéant le 28 juillet 2014.
1.2. Le recourant soutient toutefois que ce jugement n'aurait pas interrompu la prescription absolue et l'infraction aurait ainsi atteint le délai de prescription durant la procédure devant le Tribunal fédéral. Dès lors qu'il serait privé d'une double instance, il conviendrait de considérer que le recours au Tribunal fédéral serait équivalent à un recours de deuxième instance, qui n'interrompait pas le délai de prescription sous l'ancien droit.
1.2.1. Contrairement au nouveau droit qui prévoit expressément que la prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu (cf. <ref-law>), l'ancien droit ne connaissait pas une telle règle. Selon la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancien droit, la prescription de l'action pénale cessait de courir après le prononcé d'un jugement de condamnation exécutoire (<ref-ruling> consid. 2 p. 224 et la référence citée). Un tel jugement entrait en force lorsque plus aucun recours ordinaire ne pouvait être déposé (<ref-ruling> consid. 2 p. 65). Le pourvoi en nullité au Tribunal fédéral constituait une voie de droit extraordinaire de sorte que le dépôt d'un tel recours n'avait pas d'influence sur la prescription de l'action pénale. L'octroi de l'effet suspensif n'avait pas non plus d'effet à cet égard mais impliquait uniquement que la prescription de la peine ne courait pas. Si le pourvoi en nullité était admis et par conséquent le jugement qui avait mis fin à la prescription de l'action pénale annulé, son entrée en force était également mise à néant et la prescription recommençait à courir. Dans ce cas, la prescription était suspendue entre le jugement de condamnation et le jugement du Tribunal fédéral et le délai allongé d'autant (<ref-ruling> consid. 3e p. 325). Le délai recommençait ainsi à courir avec la notification du jugement du Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling>; plus récemment arrêt 6S.683/2001 du 28 janvier 2002 consid. 3c). Toutefois, selon la jurisprudence, dans la mesure où le jugement de condamnation exécutoire relatif à certaines infractions n'avait pas fait l'objet d'un pourvoi en nullité au Tribunal fédéral ou avait été attaqué sans succès, restant donc matériellement en force, il n'y avait plus de poursuite pénale. Ainsi, la prescription de l'action pénale cessait définitivement de courir, quant à ces actes, au moment du prononcé de ce jugement. Cela valait également lorsque, à la suite de l'admission (partielle) du pourvoi en nullité pour d'autres motifs, le jugement dans son entier était formellement annulé et que l'autorité précédente devait, par exemple, revoir la peine en raison de l'abandon de condamnations sur d'autres points (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 313 s.).
1.2.2. Selon la jurisprudence, le recours en matière pénale est une voie de recours extraordinaire, comme l'était l'ancien pourvoi en nullité (arrêts 6B_440/2008 du 11 novembre 2008 consid. 3.3; 6B_298/2007 du 24 octobre 2007 consid. 5 non publié in <ref-ruling>; 6B_146/2007 du 24 août 2007 consid. 7.2 non publié in <ref-ruling>; contrairement au recours en matière de droit public cf. <ref-ruling>). Il est en principe cassatoire (arrêts 6B_440/2008 précité consid. 3.3; 6B_298/2007 précité consid. 5 non publié in <ref-ruling>; 6B_146/2007 précité consid. 7.2 non publié in <ref-ruling>; DANIEL WILLISEGGER, Strafrechtswissenschaft und Rechtsprechung des Bundesgerichts - zwei fremde Welten?, Forumpoenale 2/2013 p. 104, p. 107). Si l'effet suspensif est accordé, même s'il s'agit d'un cas où il l'est de par la loi (cf. <ref-law>), celui-ci n'a d'effet que sur l'exécution du jugement et non sur l'entrée en force de chose jugée. Ainsi, la suspension de l'exécution (par l'octroi de l'effet suspensif) n'a pas d'influence sur la question de la prescription de l'action pénale. Comme l'était le pourvoi en nullité, le recours en matière pénale n'est pas entièrement dévolutif. Il ne permet pas un examen complet de toutes les questions de fait et de droit. Bien plutôt, il est en principe limité à l'examen des questions de droit et à l'établissement manifestement inexact des faits. Le Tribunal fédéral vérifie si l'autorité précédente a, au moment où elle a rendu sa décision, correctement appliqué le droit fédéral (arrêt 6B_440/2008 précité consid. 3.3). Le recours en matière pénale étant une voie de recours extraordinaire, le délai de prescription de l'action pénale cesse de courir au moment du prononcé du jugement de condamnation par l'autorité précédente (arrêts 6B_310/2014 du 23 novembre 2015 consid. 4.4; 6B_472/2011 du 14 mai 2012 consid. 8.3; 6B_440/2008 précité consid. 3.3).
1.2.3. En l'occurrence, le recourant a été condamné pour escroquerie par jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013. Le délai de prescription de l'action pénale a été interrompu par le prononcé du jugement, au plus tard le 29 novembre 2013 (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 65 s.). Conformément à la jurisprudence, le dépôt du recours en matière pénale à son encontre n'y change rien. A cet égard, le recourant n'expose pas en quoi il conviendrait de s'écarter de la jurisprudence précitée. Le simple fait que la décision attaquée n'émane pas d'une autorité de dernière instance cantonale (comme dans les arrêts précités) mais d'une autorité fédérale de première instance n'a pas d'influence sur le caractère du recours en matière pénale tel qu'appréhendé par la jurisprudence. En particulier, le pouvoir d'examen limité au droit et à l'inexactitude manifeste des faits du Tribunal fédéral - tout comme par ailleurs le caractère en principe cassatoire du recours et les règles en matière d'effet suspensif - reste le même, que la décision faisant l'objet du recours en matière pénale émane d'une dernière instance cantonale ou du TPF. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de la jurisprudence établie et, contrairement à ce que soutient le recourant, le jugement du TPF a interrompu la prescription. Toutefois, au vu du sort du recours (cf. infra consid. 4.3), le délai de prescription recommence à courir dès la date de notification du présent arrêt, la prescription ayant été suspendue entre le jugement de condamnation et le jugement du Tribunal fédéral et le délai allongé d'autant, conformément à la jurisprudence (cf. supra consid. 1.2.1). Le TPF devra ainsi veiller à l'examen du délai de prescription dans le cadre de son nouveau jugement.
2.
Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling> consid. 3 p. 352; <ref-ruling>). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
Le recourant débute son écriture par un " préambule ". A cet égard, il ne cherche pas à démontrer que les faits auraient été établis arbitrairement. En outre, il formule des remarques toutes générales notamment sur le déroulement de la procédure suisse, la procédure en République tchèque ou l'absence de triple instance. De la sorte, il ne formule aucun grief recevable au regard des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3.
Dans un grief mêlant différentes questions de fait et différentes questions de droit, le recourant conteste sa condamnation pour escroquerie.
Dans la mesure où les critiques du recourant consistent essentiellement à opposer sa propre appréciation des faits et des preuves à celle du TPF, son argumentation est largement appellatoire. Elle se fonde en outre non sur les faits retenus, dont il n'a pas démontré l'arbitraire, mais sur les faits qu'il invoque librement. Une telle démarche ne répond pas aux exigences de motivation déduites des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF et elle est irrecevable. Il sera ci-après uniquement répondu aux quelques arguments du recourant qui n'apparaissent pas d'emblée irrecevables.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
L'escroquerie consiste à tromper la dupe. Pour qu'il y ait escroquerie, une simple tromperie ne suffit cependant pas; il faut qu'elle soit astucieuse. Il y a tromperie astucieuse, au sens de l'<ref-law>, lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il donne simplement de fausses informations, si leur vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 264; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est cependant pas nécessaire qu'elle ait fait preuve de la plus grande diligence ou qu'elle ait recouru à toutes les mesures possibles pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que si elle n'a pas procédé aux vérifications élémentaires que l'on pouvait attendre d'elle au vu des circonstances. Une co-responsabilité de la dupe n'exclut toutefois l'astuce que dans des cas exceptionnels (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 155; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 81).
La tromperie astucieuse doit amener la dupe, dans l'erreur, à accomplir un acte préjudiciable à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers. L'erreur créée ou confortée par la tromperie doit motiver l'acte (<ref-ruling> consid. 2e/aa p. 256). La dupe doit conserver une certaine liberté de choix (arrêt 6B_552/2013 du 9 janvier 2014 consid. 2.3.2 et les références citées).
L'escroquerie ne sera consommée que s'il y a un dommage (arrêt 6B_139/2016 du 21 novembre 2016 consid. 3.1 et les références citées). Le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 125 s.). Un préjudice temporaire suffit (<ref-ruling> consid. 2c p. 108). Dans le cadre d'un échange commercial, un dommage peut être retenu lorsqu'un appauvrissement résulte de l'opération prise dans son ensemble (<ref-ruling> consid. 6 b/bb p. 134). Il suffit que la prestation et la contre-prestation se trouvent dans un rapport défavorable par comparaison à ce que pensait la dupe sur la base de la tromperie (<ref-ruling> consid. 3b/aa p. 429; <ref-ruling> consid. 6b/bb p. 134; <ref-ruling> consid. 3e p. 150).
3.2. En substance, le TPF a retenu que les motifs de l'adoption de l'arrêté n° 819 par le gouvernement tchèque ressortaient des différentes offres présentées par PP._ et SS._ au gouvernement tchèque, du projet d'arrêté et du rapport de présentation de juillet 1999 émanant des ministères tchèques du commerce et de l'industrie et des finances, de l'exposé introductif pour la réunion du gouvernement tchèque du 28 juillet 1999 et du procès-verbal de l'enregistrement audio des discussions relatives à l'adoption de l'arrêté n° 819. Les principales raisons ayant poussé les ministres concernés à voter l'acceptation de l'arrêté n° 819 étaient que ces ministres étaient convaincus: que le candidat à l'acquisition des parts de la République tchèque dans MUS (46,29%) était le groupe E._1, soit un investisseur américain; que cet investisseur avait déjà acquis légalement une participation majoritaire dans MUS; qu'E._1 ne contrôlait une participation majoritaire (supérieure à 50%) dans MUS qu'à compter de juin 1999; que ledit groupe E._1 avait pour intérêt et objectif d'être pour MUS un partenaire à long terme et de lui apporter non seulement le know how, mais également la stabilité financière indispensable pour son positionnement sur le marché; il s'était en outre engagé vis-à-vis des autorités tchèques à investir, après acquisition de MUS, une somme considérable dans la région d'implantation de MUS; que ledit groupe E._1 était représenté par le recourant, ancien administrateur du FMI et de la Banque Mondiale qui bénéficiait de ce fait d'une confiance accrue (jugement attaqué p. 139).
Le TPF a toutefois relevé que l'ensemble de ces éléments étaient faux. Le groupe E._1 n'intervenait qu'à titre de prête-nom, pour dissimuler que les véritables candidats à l'acquisition des parts de la République tchèque dans MUS (46,29%) étaient les ayants droit économiques de PP._, soit un groupe de personnes physiques tchèques. Le groupe E._1 n'était nullement propriétaire de la moindre action de MUS. La participation de 50,02% dans MUS contrôlée par PP._ avait été acquise illégalement (soit au moyen d'un abus de confiance et d'un délit d'initié au sens du droit tchèque). PP._ contrôlait déjà une participation majoritaire (supérieure à 50%) dans MUS au plus tard le 20 août 1998. Ni E._1, ni les personnes physiques tchèques à qui ce groupe servait de prête-nom n'avaient jamais eu l'intention d'investir un seul centime propre dans MUS, ni n'envisageaient le moindre investissement dans la construction d'infrastructures dans la région d'implantation de MUS. Enfin, en dépit de son excellente réputation, le recourant avait fourni aux autorités tchèques et aux médias des informations et assurances mensongères.
3.3. Le recourant, se référant aux propositions d'administration de preuves formulées par le Juge Popp en audience, soutient qu'il existerait un doute sur la nature et l'étendue des informations dont disposaient les organes compétents pour décider de la vente de la participation dans MUS appartenant à l'Etat tchèque.
Tout d'abord, le recourant indique ne pas avoir pu se déterminer sur ces propositions, celles-ci ayant été formulées dans la cause disjointe. Il se contente toutefois de l'affirmer et n'expose pas en quoi ses droits auraient été violés, ni même ne prétend à une quelconque violation de ses droits. Ce faisant, il ne formule aucun grief recevable au regard des exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
Pour le surplus, le recourant, reproduisant la teneur desdites propositions, ne fait qu'affirmer qu'elles révéleraient la fragilité des certitudes du TPF quant à la réalisation de l'escroquerie. De la sorte, il ne présente aucun argument qui répondrait aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. Insuffisamment motivé, son grief est irrecevable.
3.4. Le recourant consacre ensuite une partie de son mémoire de recours à présenter sa position. L'argumentation du recourant consiste uniquement à opposer sa propre appréciation des faits à celle du TPF. Il en va en particulier ainsi lorsqu'il soutient que c'est E._1, et non le recourant lui-même, qui aurait été démarché en 1997, qu'il n'aurait pas participé à la négociation du contrat du 8 janvier 1998, qu'il n'aurait pas existé de plan pour racheter MUS dès le départ et que SS._ aurait proposé la vente de ses actions à l'Etat tchèque. Il en va de même lorsqu'il rediscute de la portée qu'a accordé le TPF à son rôle dans la décision de vente de l'Etat tchèque. Purement appellatoire, ses critiques sont irrecevables.
3.5. Le recourant prétend que le TPF aurait arbitrairement établi les motifs ayant conduit l'Etat tchèque à vendre sa part dans MUS. En particulier, le fait que l'acquéreur aurait été étranger n'aurait pas été déterminant, pas plus que le rôle que le recourant aurait joué. Plus avant dans son mémoire, le recourant énumère différents éléments qui ressortiraient des auditions des ministres tchèques au sujet de ces motifs. Les développements du recourant s'épuisent en une rediscussion des éléments pris en considération par l'autorité précédente, à laquelle il oppose sa propre appréciation et en y ajoutant des éléments ne ressortant pas du jugement sans qu'il ne démontre l'arbitraire de leur omission. La motivation ainsi présentée ne va guère au-delà d'une plaidoirie appellatoire. On y cherche en vain une démonstration, conforme aux exigences de l'<ref-law>, d'une appréciation absolument inadmissible des preuves par le TPF. Le recourant perd manifestement de vue la notion d'arbitraire, telle que définie par la jurisprudence depuis plusieurs décennies, confondant ce qu'il estime critiquable avec ce qui est intolérable. Il perd autant de vue que le Tribunal fédéral n'est pas une juridiction d'appel et que l'arbitraire prétendu d'une décision doit être démontré de manière substantiée, à peine d'irrecevabilité. La simple rediscussion de l'appréciation des preuves à laquelle il se livre ne suffit pas à faire admettre l'arbitraire qu'il allègue. Le grief est par conséquent irrecevable.
3.6. Le recourant soutient qu'il ressortirait du dossier que les ministres avaient des doutes par rapport à l'acquéreur. Dans la mesure où l'argumentation du recourant se fonde sur des faits non constatés dans le jugement entrepris sans qu'il ne cherche à démontrer qu'ils auraient été arbitrairement omis, elle est irrecevable. Pour le surplus, le recourant ne critique pas l'appréciation du TPF mais se contente d'exposer sa version des faits, dans une argumentation purement appellatoire. Il prétend que le TPF aurait violé le principe in dubio pro reo en retenant qu'il n'était pas établi que la commission tchèque des papiers-valeurs avait fait part de ses propres doutes avant le 28 juillet 1999 (jugement attaqué p. 148 s.) ou que l'ampleur et la date d'apparition des " bruits de couloir " sur les véritables acquéreurs des actions MUS n'étaient pas non plus établies (jugement attaqué p. 150 s.). Toutefois, le TPF n'a pas retenu un fait en défaveur du prévenu à défaut de preuve (ce qui constituerait une violation du principe in dubio pro reo), mais, après une appréciation des preuves, a retenu un fait négatif, c'est-à-dire que les ministres n'avaient pas connaissance d'information pouvant mettre en doute leur représentation erronée de la réalité. Ainsi, tel qu'allégué par le recourant, le principe in dubio pro reo n'est pas invoqué en tant que règle sur le fardeau de la preuve mais sa critique porte en réalité sur l'appréciation des preuves et, dans cette mesure, se confond avec le reproche d'établissement arbitraire des faits (cf. <ref-ruling> consid. 7 p. 82). A cet égard, le recourant ne fait encore une fois qu'opposer son appréciation à celle du TPF dans une démarche purement appellatoire. Insuffisamment motivé, le grief du recourant est irrecevable.
3.7. Le recourant conteste le caractère astucieux de la tromperie et soutient qu'il y aurait, à tout le moins, une faute concomitante de la dupe, soit l'Etat tchèque.
3.7.1. Dans la mesure où l'argumentation du recourant se fonde non sur les faits retenus, dont il n'a pas démontré l'arbitraire, mais sur ceux qu'il invoque librement, son argumentation est appellatoire, partant irrecevable. Pour le surplus, son grief doit être rejeté pour les motifs suivants.
3.7.2. Comme l'a relevé le TPF, l'Etat tchèque croyait que E._1, un investisseur étranger, avait acquis, grâce à son financement propre, la majorité des actions MUS et ce dès le 7 juin 1999. Il croyait également que E._1 était l'acquéreur de sa part de 46,29% des actions MUS et qu'il allait financer cette acquisition grâce à ses fonds propres. En outre, l'Etat tchèque pensait qu'E._1 serait un partenaire à long terme qui apporterait son savoir-faire à MUS ainsi que des investissements dans la région d'implantation de cette société. Or, l'ensemble de ces éléments était faux. La majorité des actions MUS avait en réalité été acquise, dès le 20 août 1998, par les ayants droit économiques d'PP._ grâce à un détournement illégal des fonds de MUS et la part de l'Etat tchèque allait être acquise par ces mêmes personnes grâce à un nouveau détournement illégal de fonds au préjudice de MUS. Sur la base de ces éléments de fait, le TPF pouvait considérer qu'il y a eu tromperie au préjudice de l'Etat tchèque.
C'est en outre à bon droit que le TPF a retenu que cette tromperie était astucieuse pour les motifs suivants.
Les prévenus ont fait appel au recourant et ont utilisé ses liens avec E._1 pour apporter du crédit à leurs informations mensongères. Concernant E._1, il ressort du jugement attaqué (p. 133) que le recourant a expliqué s'être mis au service du groupe E._1, avec siège au Delaware/USA, après avoir quitté le FMI en 1994. E._1 était détenu et dirigé par AAA._, qu'il décrit comme un financier américain de grande envergure, connu loin à la ronde. Toujours selon le recourant, la fortune de AAA._ était de plusieurs milliards de dollars et le groupe E._1 était une structure au travers de laquelle AAA._ procédait à des investissements en Europe. Il s'avère ainsi que le groupe prétendument acquéreur des actions MUS avait une véritable existence et était associé au nom d'un financier américain connu et renommé, disposant en outre des moyens financiers pour prétendre au rachat de MUS. De plus, le recourant travaillait effectivement pour ce groupe et était autorisé à le représenter. Il ressort du jugement attaqué que le recourant, en qualité d'ancien directeur du FMI et de la Banque Mondiale, s'était forgé une excellente réputation auprès des autorités tchèques dans le cadre de ses activités au sein de ces institutions. Dans ce cadre, les autorités tchèques lui avaient apporté leurs voix, tant pour son élection que pour ses activités dans ces deux institutions. Pour illustrer l'importance de ses fonctions, le recourant avait lui-même expliqué durant les débats que, lorsque les avoirs des deux Républiques de l'ex-Tchécoslovaquie avaient été séparés, c'était lui qui représentait les deux Etats et qui avait signé le document y relatif. Les précédentes fonctions du recourant au service du FMI et de la Banque Mondiale avaient ainsi, dans l'esprit du public et des autorités tchèques, renforcé considérablement la confiance accordée au groupe E._1 qu'il représentait (jugement attaqué p. 164). En outre différents ministres ont relevé que le fait que le recourant représente E._1 et qu'il recommande vivement ce groupe était une référence importante (cf. jugement attaqué p. 131 s.). Dès lors, le recourant bénéficiait auprès des autorités tchèques d'une remarquable réputation de sérieux et d'intégrité (jugement attaqué p. 146) et entretenait un rapport de confiance particulier avec ces autorités.
Le TPF a retenu qu'E._1 avait joué le rôle d'un investisseur fictif afin de créer, tant vis-à-vis du gouvernement tchèque que vis-à-vis du public (via la presse), l'apparence qu'un investisseur étranger crédible était candidat au rachat de la participation dans MUS détenue par le FNM, au moyen de fonds étrangers. A cet égard, le recourant s'est engagé activement entre avril 1998 et juillet 1999 pour faire croire à cette version. En particulier, il a rencontré différents ministres, tenu des conférences de presse et représenté E._1 à l'égard des autorités et des syndicats, soutenant la thèse selon laquelle E._1 était devenu actionnaire de MUS et était le candidat au rachat de la part appartenant à l'Etat tchèque. Il a en outre présenté PP._ et SS._ comme les mandataires d'E._1. Il a, selon ses propres termes, soutenu cette version " bec et ongles ". A cela s'ajoute, les trois courriers des 16 novembre 1998, 3 décembre 1998 et 14 juillet 1999 adressés aux autorités tchèques dans lesquels E._1, par ses mandataires PP._ et SS._, proposait l'achat des actions MUS. Outre l'offre d'achat, les deux premiers courriers indiquaient qu'E._1 entendait être un partenaire à long terme pour MUS lui faisant bénéficier de son savoir-faire et lui offrant une stabilité financière. Le courrier du 3 décembre 1998 était co-signé au nom d'E._1 par le recourant, dont on rappelle qu'il était véritablement habilité à représenter ce groupe. Dès lors, par ses interventions auprès de différents interlocuteurs et par différents canaux (entretiens, conférences et communiqués de presse, courriers officiels) sur une longue période, le recourant, qui a lui-même qualifié son activité d'intense durant la période du printemps 1998 à l'été 1999, a permis d'installer l'idée, tant dans le grand public qu'auprès des autorités, qu'E._1 était bien le véritable titulaire des actions MUS et le véritable acquéreur de la part appartenant à l'Etat tchèque.
L'argent ayant servi à payer la part de 46,29% des actions MUS à l'Etat tchèque a en outre transité par différentes sociétés-écrans, ce qui a permis de dissimuler le fait qu'il provenait en réalité des fonds propres de MUS elle-même et a permis de faire croire que PP._ disposait, pour le compte d'E._1 de ces fonds. Comme l'a par ailleurs relevé l'ancien Premier Ministre DDDD._, il était difficilement envisageable sans raison légitime d'examiner l'origine des fonds d'une compagnie étrangère renommée (cf. jugement attaqué p. 149). Qui plus est, E._1 était un groupe financier disposant de fonds importants. Ainsi, la promesse d'investissement de 350 mio USD dans la région d'implantation de MUS renforçait l'impression que E._1 était un investisseur sérieux disposant d'une situation financière solide. Enfin, pour éviter qu'il ne soit découvert que c'était en réalité les prévenus qui avaient acquis la quasi-totalité des actions MUS, grâce aux fonds de cette dernière société, différentes sociétés ayant le nom E._ dans leur raison sociale et le recourant comme fondateur ou administrateur ont possédé les actions MUS postérieurement à l'acquisition de la part de l'Etat tchèque. Pour ce faire, les prévenus avaient fait le nécessaire pour acquérir la marque E._ auprès de AAA._. Cela leur a ainsi permis de maintenir la fiction qu'un groupe E._, ayant le recourant comme représentant, possédait les actions MUS (même si ce n'était pas le groupe E._1, soit celui de AAA._, mais le groupe E._2 appartenant aux prévenus).
En mêlant des informations publiques, connues et vraies (existence du groupe E._1 appartenant vraiment au financier international AAA._, importance des moyens financiers de ce groupe, liens de ce groupe avec le recourant) à leurs mensonges, les prévenus ont apporté du crédit à leur thèse, tout comme en utilisant le nom de personnes connues et renommées dans le monde des affaires et dans le public telles que AAA._ et le recourant. S'agissant de ce dernier, il bénéficiait en outre d'une réputation de sérieux et d'intégrité particulière au sein de la République tchèque que les prévenus ont exploitée. Par la distillation répétée, en particulier par l'intermédiaire du recourant, d'informations fallacieuses auprès de différents interlocuteurs et par différents canaux sur plus d'une année, les prévenus ont réussi à ancrer leurs mensonges dans l'esprit du public et des autorités. Grâce à leur montage financier complexe (cf. supra consid. B.e), ils sont parvenus à dissimuler que l'argent servant à payer les 46,29% d'actions MUS provenait en réalité des fonds propres de MUS. Enfin, pour éviter d'être découverts, ils ont créé ou fait créer différentes sociétés E._ (groupe E._2) qui sont devenues propriétaires des actions MUS. Au demeurant, comme l'a retenu le TPF (jugement attaqué p. 146 ss) sans que le recourant en démontre l'arbitraire, les ministres ne disposaient d'aucune information permettant de mettre en doute le fait qu'E._1 était l'actionnaire de MUS et qu'il souhaitait acquérir la part de l'Etat dans cette société. Si tant est qu'ils en aient disposés, ils auraient pu vérifier et constater que le groupe E._1 existait vraiment, qu'il pouvait être représenté par le recourant et qu'il disposait de la surface financière nécessaire à une telle acquisition. Qui plus est, si des doutes quant au rôle de PP._ avaient été émis, celle-ci aurait pu se prévaloir du contrat du 8 janvier 1998 lui accordant le pouvoir de gérer le prétendu investissement d'E._1 dans MUS. En outre, l'utilisation du lien de confiance particulier du recourant avec les autorités tchèques avait pour but de dissuader celles-ci de quelconques vérifications. Enfin, le fait d'offrir un prix de 24% supérieur à ce que la loi imposait, qui plus est payable en une fois, avait également pour but d'inciter les ministres tchèques à accepter immédiatement l'offre, sans procéder à d'autres vérifications. Comme cela ressort des débats précédant l'adoption de l'arrêté n° 819, les ministres craignaient que le prix ne baisse encore. Les prévenus ont ainsi échafaudé un édifice complexe de mensonges, entremêlé de faits vrais et vérifiables, rendant sa découverte extrêmement compliquée. On relèvera à cet égard que la tromperie mise en place par les prévenus n'a été découverte qu'après plusieurs années et qu'il a encore fallu une longue et complexe enquête pour l'établir. Au vu de ce qui précède, c'est à bon droit que le TPF a estimé que la tromperie était astucieuse et que l'on ne pouvait reprocher à la dupe une faute concomitante.
3.8. Dans un chapitre de son recours intitulé " dommage ", le recourant remet en réalité en cause sa connaissance de celui-ci, argument qui sera traité dans l'examen de la réalisation de l'élément subjectif. Pour le surplus, il suffit de relever les éléments suivants concernant le dommage.
3.8.1. Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 et 2 LTF). C'est en revanche une question de droit (<ref-law>) de dire si la notion juridique du dommage a été méconnue et de déterminer si l'autorité précédente s'est fondée sur des principes de calcul admissibles pour le fixer (<ref-ruling> consid. 8.1.3 p. 188 et les références citées). Lorsque les conditions d'application de l'<ref-law> sont réunies, l'estimation du dommage repose sur le pouvoir d'apprécier les faits; elle relève donc de la constatation des faits (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 364 et les références citées). Or, saisi d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; cf. supra consid. 2).
3.8.2. En substance, le TPF a retenu que le dommage correspondait à la différence entre la valeur des actions MUS (46.29%) que la République tchèque via le FNM aurait conservées si la vente n'avait pas été conclue et leur prix de vente. Le moment déterminant pour évaluer le montant du dommage était le 28 juillet 1999, soit la date de l'adoption de l'arrêté n° 819. La valeur intrinsèque précise de MUS à cette date ne pouvant être déterminée avec exactitude, il s'imposait de procéder à une estimation. Le TPF a écarté la valeur nominale proposée par le ministère public (1000 CZK par action, soit 3'439'776'766 CZK au total) considérant qu'elle ne reflétait pas la valeur réelle. Il a relevé que la valeur comptable nette (net book value) de MUS fournissait un premier élément indicatif. Cette valeur était de 5'627'615'000 CZK au 1 er janvier 1999 (valeur 256'887'000 fr.) et de 4'970'268'000 CZK au 31 décembre 1999 (valeur 220'710'000 fr.).
Le TPF a souligné que la valeur marchande de l'action MUS était demeurée relativement stable entre fin mars 1996 et fin février 1998, oscillant généralement entre 300 et 350 CZK entre mars 1996 et novembre 1997, puis entre 350 et 400 CZK entre décembre 1997 et février 1998. À partir de mars 1998, la valeur marchande de l'action MUS avait connu une hausse brutale, atteignant son point culminant à 1'650 CZK par action en date du 26 mars 1998. À partir du 27 mars 1998, la valeur marchande de l'action MUS avait connu une baisse rapide, tombant à moins de 300 CZK par action au début du mois de mai 1998; à partir de mai 1998, la valeur marchande de l'action MUS avait encore diminué, pour se situer dans une fourchette comprise entre 100 et 200 CZK. Selon le TPF, de manière générale, la valeur des actions dépend de la demande sur le marché et cette demande dépend elle-même de l'offre et de ce qu'une majorité des actions soit ou non dans les mains d'un même propriétaire. Ainsi, tant qu'aucun actionnaire ne possédait la majorité des actions, la demande était restée relativement élevée et donc la valeur des actions aussi. Tel fut le cas jusqu'en 1998. Cette année-là, la valeur des actions avait même connu une hausse relativement importante, jusqu'en mars, qui s'expliquait notamment par le fait que le futur actionnaire majoritaire contribuait à soutenir la demande. Dès le moment où une majorité d'actions s'était retrouvée dans les mains d'un même propriétaire, la valeur marchande des actions avait baissé puisqu'il y avait moins d'intérêt pour tout amateur potentiel d'acheter des actions de la société. En effet, l'actionnaire majoritaire était déjà en mesure de prendre la majeure partie des décisions de l'assemblée générale et les éventuels actionnaires minoritaires savaient que même en achetant davantage d'actions ils resteraient minoritaires. A cela s'ajoutait que l'offre était devenue quasi nulle dès lors que les deux principaux actionnaires, qui détenaient à eux deux la quasi-totalité des actions, n'entendaient pas en vendre.
Le TPF a relevé que l'un des éléments de l'escroquerie consistait à faire croire à tort au gouvernement tchèque qu'E._1 avait légalement acquis plus de la majorité des actions de MUS à partir du 7 juin 1999. En réalité, E._1 n'avait jamais acquis la moindre action de MUS, mais ne faisait que faire office de prête-nom pour cinq personnes physiques tchèques (W._, A._, X._, U._ et Y._) qui, au travers notamment du groupe N._, de PP._ et de sa société fille SS._, avaient massivement acquis sur le marché des actions de MUS à partir de décembre 1996. Ces actions avaient été financées au moyen du détournement de 2'066'436'419 CZK au préjudice de MUS, constitutif d'infraction au droit pénal tchèque. À cela s'ajoutait encore que ce n'était pas uniquement à compter du 7 juin 1999 que W._, A._, X._, U._ et Y._ avaient acquis le contrôle sur plus de la majorité des actions de MUS. Aux termes du SCP, cette acquisition majoritaire remontait au 20 août 1998 au plus tard. À cette date, PP._ contrôlait déjà les 4'416'198 actions formellement détenues par SS._ et 4'087 actions de MUS étaient détenues par R._. Au total, W._, A._, X._, U._ et Y._ détenaient donc, au 20 août 1998 au plus tard, 4'420'285 actions de MUS, correspondant à une participation de 50,02%. Le TPF en a déduit qu'il devait être retenu que SS._ et R._ avaient mené une action concertée (au sens du § 66b du Code du commerce tchèque) et qu'elles étaient dès lors tenues, conformément au § 183b du Code du commerce tchèque, de procéder à une offre publique d'achat dans les 60 jours suivant l'acquisition de la majorité des actions MUS, laquelle datait du 20 août 1998 au plus tard. Cette offre devait, toujours en application du droit tchèque, s'élever au montant correspondant à la moyenne pondérée, dans les six mois précédant l'acquisition de la participation majoritaire, du cours de l'action concernée (§183c du Code de commerce tchèque). La moyenne pondérée du cours de l'action MUS dans les six mois précédant le 20 août 1998 était de 788.92 CZK. Or, ce n'était que le 7 juin 1999 que PP._ avait fait part du fait qu'elle détenait plus de la majorité des actions MUS. Elle avait formulé une offre de 128 CZK par action, correspondant à la moyenne pondérée, dans les six mois précédant le 7 juin 1999, de cours de l'action MUS. Entre août 1998 et juin 1999, les ayants droit économiques de PP._ avaient ainsi attendu la chute progressive du cours de l'action de MUS, due notamment au faible nombre des transactions sur le marché, pour annoncer leur contrôle de plus de 50% des actions de MUS. Dans l'intervalle, le prix par action à formuler dans l'offre publique d'achat obligatoire était passé de 788.82 à 128.03 CZK; il avait partant été divisé par 6,16.
Pour estimer le dommage subi par la République tchèque, le TPF s'est basé sur la moyenne pondérée du cours de l'action MUS durant les 17 mois précédant le 28 juillet 1999, date de l'adoption de l'arrêté n° 819. Il a estimé que la période de six mois précédant cette date commençait le 28 janvier 1999, alors que les ayants droit économiques de PP._ contrôlaient la majorité de MUS depuis le 20 août 1998 au plus tard déjà. Il se justifiait dès lors de prendre comme point de départ du délai les six mois précédant le 20 août 1998, soit le 20 février 1998. De la sorte, le calcul de la valeur pondérée des actions de MUS n'était pas exagérément influencé par les valeurs qu'avaient prises les actions entre le moment où les ayants droit économiques de PP._ avaient obtenu le contrôle effectif d'une majorité des actions et le moment où PP._ avait annoncé qu'elle détenait plus de 50% du capital. Entre le 20 février 1998 et le 28 juillet 1999, la moyenne pondérée du cours de l'action MUS était de 707.08 CZK. La valeur de la participation de la République tchèque ayant fait l'objet de l'arrêté n° 819 pouvait dès lors être estimée à 2'891'462'441 CZK (4'089'763 x 707 = 2'891'462'441; valeur 125'563'000 fr., resp. 83'541'700 USD). À ce montant, il convenait de déduire le prix de 650'000'000 CZK payé par PP._, pour établir un dommage pouvant être estimé à 2'241'462'441 CZK (valeur 97'336'600 fr. au 28 juillet 1999).
3.8.3. Le recourant ne conteste pas les éléments retenus par le TPF. Il ne démontre en particulier pas en quoi le TPF aurait arbitrairement établi le dommage. Il suffit de constater que le TPF n'a pas méconnu la notion juridique de dommage et c'est à bon droit qu'il a estimé que cet élément constitutif de l'escroquerie était réalisé.
3.9. Le recourant ne conteste pas non plus la réalisation du lien de causalité si bien qu'il n'y a pas besoin d'examiner cette question plus avant. Au demeurant, celui-ci est réalisé. A cet égard, il peut être renvoyé à l'analyse détaillée figurant dans l'arrêt de la cause 6B_688/2014, consid. 19.4 pour le lien de causalité.
Au vu de ce qui précède, c'est à bon droit que le TPF a estimé que tous les éléments constitutifs objectifs de l'infraction d'escroquerie étaient réalisés.
4.
Le recourant remet en cause la réalisation de l'élément subjectif de l'intention.
4.1. Sur le plan subjectif, l'escroquerie est une infraction intentionnelle, l'intention devant porter sur tous les éléments constitutifs de l'infraction. L'auteur doit en outre agir dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 213 s.).
4.1.1. Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève du contenu de la pensée, à savoir de faits « internes » (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). En tant que tels, ils lient le Tribunal fédéral, à moins qu'ils n'aient été établis de façon arbitraire (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
4.1.2. Est en revanche une question de droit celle de savoir si l'autorité précédente s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 156; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 4).
4.1.3. Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait, même s'il ne le souhaite pas (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 16). Parmi les éléments extérieurs permettant de conclure que l'auteur s'est accommodé du résultat dommageable pour le cas où il se produirait figurent notamment la probabilité, connue par l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont grandes, plus sera fondée la conclusion que l'auteur, malgré d'éventuelles dénégations, avait accepté l'éventualité de la réalisation du résultat dommageable (<ref-ruling> consid. 8.4.1 p. 84; cf. également <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 18). Ainsi, le dol éventuel peut notamment être retenu lorsque la réalisation du résultat devait paraître suffisamment vraisemblable à l'auteur pour que son comportement ne puisse raisonnablement être interprété que comme une acceptation de ce risque (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4 et les références citées). Peuvent également constituer des éléments extérieurs révélateurs, les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (<ref-ruling> consid. 8.4.1 p. 84).
4.2. En substance, le TPF a relevé que le rôle assumé par le recourant, d'avril 1998 à juillet 1999, en exécution du contrat de portage du 18 avril 1998, l'avait été en pleine connaissance de la fausseté de l'essentiel des informations mensongères données, soit de la tromperie et de son caractère astucieux. Dans ce cadre, il affirmait agir au nom et pour le compte du groupe américain E._1, tout en sachant que cette société n'avait pas mis de liquidités à disposition et ne faisait office que de prête-nom pour dissimuler que des personnes physiques tchèques étaient les candidats au rachat de la participation dans MUS détenue par la République tchèque. En conséquence, il savait également qu'étaient fausses ses affirmations selon lesquelles ce groupe américain avait acquis une participation de 49,98% dans MUS, était intéressé à acheter la participation de 46,29% dans MUS détenue par la République tchèque, avait " pris la décision de créer en République tchèque la tête de pont pour [ses] activités d'investissement en Europe orientale ", avait l'intention d'être pour MUS un partenaire à long terme et de lui apporter le know how et la stabilité financière indispensable pour son positionnement sur le marché (tchèque et européen) et s'engageait à atteindre son objectif par un investissement de l'ordre de 350 mio USD dans la région d'implantation de MUS. Au moment de signer le " contrat de portage " du 18 avril 1998 pour E._1, le recourant avait déclaré avoir eu deux préoccupations: premièrement, que ce contrat ne serve pas à cacher quelque chose d'illégal, en particulier une origine illégale des fonds et, deuxièmement, qu'il n'y avait pas de corruption de dirigeants tchèques; V._ et G._ lui auraient dit qu'il n'en était pas question, ce dont il affirmait s'être contenté. Or, vu la teneur du " contrat de portage " qu'il avait signé et compte tenu de sa formation, de son parcours et de son expérience professionnelle, le recourant ne pouvait, de bonne foi, se contenter de pareilles assurances, données oralement. Au sujet des personnes pour lesquelles il travaillait réellement et avec lesquelles il avait signé le contrat de portage, soit les ayants droit économiques de PP._, le recourant avait déclaré avoir toujours cru qu'il s'agissait de deux investisseurs privés tchèques, à savoir U._ et Y._, conformément à la mention figurant dans le " contrat de portage " signé par le recourant. Selon lui, le but essentiel de ce " contrat de portage " «était de ne pas manifester devant l'opinion tchèque à ce moment que des investisseurs privés tchèques devenaient propriétaires de la mine». Interrogé sur sa connaissance des motifs pour lesquels U._ et Y._ étaient intéressés à acheter la participation de 46,29% de MUS détenue par la République tchèque, le recourant avait répondu que les intéressés ne lui avaient jamais donné d'explication à ce sujet et que lui-même n'avait jamais posé la question. Il avait fourni la même réponse à la question relative aux motifs pour lesquels U._ et Y._ ne souhaitaient pas apparaître comme candidats à l'achat de cette participation de 46,29%. Le recourant n'avait pas non plus cherché à savoir si ces investisseurs privés tchèques avaient effectivement des projets de gestion à long terme pour MUS ou encore l'intention ou les moyens d'investir 350 mio USD dans la région d'implantation de MUS. Il avait d'ailleurs affirmé n'avoir posé aucune question au sujet de la source de leurs moyens financiers. Au cours de l'instruction, le recourant avait toutefois admis: «il était absolument important que l'on ne sache pas que les propriétaires de MUS étaient des tchèques. (...) cela aurait suscité des questions dans l'opinion publique et il aurait ainsi été certainement très difficile d'acquérir rapidement MUS», en ce sens qu'une enquête sur l'origine des fonds aurait certainement été ouverte. Le recourant avait ainsi défendu les intérêts de personnes dont il ignorait tant les motivations que les moyens financiers, dans le cadre du rachat d'une participation de 46,29% détenue par la République tchèque dans la plus grande entreprise minière du pays, définie par le recourant lui-même comme " un joyau de la structure industrielle du pays ".
Le TPF a retenu que le point de savoir si le recourant savait, au moment de signer le " contrat de portage ", qu'un ou plusieurs administrateurs de MUS était ayant droit de PP._, devait toutefois être tranchée par la négative, un doute subsistant sur ce point et ce doute devant profiter à l'accusé. Restait que, interrogé le 22 juillet 2009 sur l'identité des personnes qui avaient créé toute la structure des sociétés E._2, le recourant avait répondu qu'il s'agissait certainement de U._ et de W._ (et non Y._), précisant que W._ n'apparaissait cependant pas comme propriétaire. Lors des débats, le recourant avait déclaré ne pas être en mesure de commenter cette déclaration et ne pas savoir pourquoi W._ ne souhaitait pas apparaître comme propriétaire d'E._2. Selon le TPF, il ne pouvait non plus être établi que le recourant savait que la participation de 49,98% dans MUS avait été acquise illégalement par les personnes pour lesquelles il travaillait, ce même si, de par ses contacts avec QQQQ._, il savait que le FNM avait proposé une assemblée générale de MUS dans le but de révoquer ses dirigeants et s'il connaissait les motifs de cette proposition. Dans la prise de position du FNM relative à l'assemblée générale de MUS du 24 avril 1998, QQQQ._ et RRRRR._ indiquaient en effet avoir contacté le recourant début avril 1998 afin d'obtenir l'appui du groupe E._ aux propositions que le FNM allait présenter dans le cadre de l'assemblée générale extraordinaire de MUS prévue le 24 avril 1998. À cette occasion, les représentants du FNM avaient exposé au recourant leurs soupçons, quant à l'utilisation incorrecte des ressources financières de MUS par ses dirigeants pour en prendre la maîtrise " de manière circonstanciée ", ainsi que le caractère urgent des mesures requises. Selon le FNM, le recourant avait " exprimé de la compréhension pour l'attitude de l'Etat tchèque ", mais " refusé la collaboration " et indiqué que le représentant du groupe E._ " votera pour le statu quo y compris en ce qui concerne le conseil d'administration actuel ".
Le TPF a en outre retenu que le recourant était par contre pleinement conscient du fait qu'il s'était forgé une excellente réputation auprès des autorités tchèques dans le cadre de ses activités d'administrateur du FMI et de la Banque Mondiale. Dans ce cadre, les autorités tchèques lui avaient en effet apporté leurs voix, tant pour son élection que pour ses activités dans ces deux institutions. Si les administrateurs du FMI et de la Banque Mondiale étaient rémunérés par les institutions concernées, le recourant estimait qu'ils représentaient les gouvernements qui les avaient élus et exerçaient la gestion des deux institutions " du point de vue des pays qu'ils représentent; ils sont leurs porte-parole "; en ce sens, le recourant considérait avoir exercé ses fonctions au FMI et à la Banque Mondiale tout particulièrement " pour la République tchèque ". Pour illustrer l'importance de ses fonctions, le recourant avait expliqué durant les débats que, lorsque les avoirs des deux Républiques de l'ex-Tchécoslovaquie avaient été séparés, c'est lui qui représentait les deux Etats et qui avait signé le document y relatif. Le recourant savait que ses précédentes fonctions au service du FMI et de la Banque Mondiale avaient, dans l'esprit du public et des autorités tchèques, renforcé considérablement la confiance accordée au groupe E._ qu'il prétendait représenter. Le recourant avait d'ailleurs admis: " ceux avec qui j'ai signé le contrat de portage attachaient une certaine importance au nom que j'apportais, y voyaient un avantage, d'autant que j'avais beaucoup oeuvré pour la Tchécoslovaquie, puis les Etats tchèque et slovaque au conseil du FMI. J'étais fort connu dans le pays ".
Au vu de ce qui précède, le TPF a retenu que le recourant savait que les prestations qu'il fournissait en exécution du " contrat de portage " participaient à un édifice complexe de mensonges et de mises en scène. Compte tenu de son parcours professionnel et de son expérience, le recourant savait qu'en soutenant que le candidat à l'achat de la participation détenue par la République tchèque dans MUS était un investisseur américain, que cet investisseur était déjà propriétaire de plus de 50% de MUS, que ce candidat était représenté par lui-même et que lui-même, en signant la lettre du 3 décembre 1998, avait transmis l'engagement de ce candidat d'investir 350 mio USD dans la région d'implantation de MUS, il influençait de manière décisive la décision du Gouvernement tchèque de vendre sa participation dans MUS à PP._ au prix de 650'000'000 CZK, ce qui avait d'ailleurs été le cas.
Le TPF a encore relevé qu'il était établi que le recourant s'était désintéressé des réelles motivations et moyens de ses mandants, ne posant aucune question. Un tel désintérêt était injustifiable au vu de ses qualifications et des prestations fournies. Dès lors, et même s'il ne pouvait être retenu qu'il savait, le recourant devait, à tout le moins, envisager, au vu de sa formation (juridique et économique), que le " contrat de portage " servait à dissimuler l'identité de personnes qui avaient pu acquérir illégalement une participation d'environ 50% dans MUS et/ou qui souhaitaient acquérir également illégalement la participation de 46,29% détenue par la République tchèque dans cette société. Il devait donc envisager que ces agissements s'inscrivent dans le cadre de la commission d'une escroquerie au préjudice de la République tchèque et s'en était accommodé. Le TPF a indiqué que " le recourant avait ainsi tenu pour possible que la vente de cette participation de 46,29% à PP._ au prix de 650'000'000 CZK cause à la République tchèque un dommage patrimonial considérable à la plus grande entreprise minière du pays, définie par le recourant lui-même comme « un joyau de la structure industrielle du pays », et procurait aux ayants droit économiques de PP._ l'enrichissement illégitime correspondant ".
4.3. L'intention nécessite que l'auteur agisse avec conscience et volonté. Appliqué au dol éventuel, cela signifie que l'auteur doit être conscient de la réelle possibilité de la réalisation de l'infraction et l'accepter pour le cas où elle se produirait (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 16). Ainsi, l'examen du dol éventuel nécessite un raisonnement en deux étapes. L'autorité doit d'abord se demander si l'auteur avait conscience de commettre une infraction, c'est-à-dire s'il l'a envisagé, puis s'il le voulait, c'est-à-dire s'il s'en accommodait. Conformément à la jurisprudence en matière de dol éventuel, celui qui décide consciemment de ne pas savoir ne peut se prévaloir du fait qu'il n'était pas possible de prévoir la réalisation de l'infraction (<ref-ruling> précité consid. 2.3.1). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a ainsi relevé, qu'en matière de faux dans les titres, la signature volontairement aveugle d'un contrat indiquait que les prévenus tenaient pour possible au sens de l'<ref-law> la conclusion d'affaires illicites. Ainsi, il a conclu que c'était à bon droit que l'autorité cantonale avait retenu que les recourants avaient agi avec conscience. En revanche, il a relevé que l'on ne pouvait sans autre conclure que l'auteur qui savait, voulait. Il fallait se fonder sur des indices extérieurs suffisants pour établir la volonté de l'auteur parmi lesquels la gravité de la violation du devoir de prudence, l'importance du risque de réalisation du résultat ainsi que les motifs ayant guidé l'auteur et le genre d'infraction en cause (<ref-ruling> précité consid. 2.3.2 et 2.3.3 p. 17 s.).
En l'occurrence, le TPF a longuement examiné la question de la conscience du recourant. Il a ainsi retenu que le recourant savait qu'il était faux de prétendre auprès des autorités tchèques que c'était E._1 qui avait acquis, avec ses propres deniers, près de 50% des actions MUS et que cette société cherchait à acquérir, grâce à ses propres moyens financiers, la part de 46,29% des actions MUS de l'Etat tchèque. Il savait également que E._1 ne serait pas un partenaire à long terme de MUS à qui elle apporterait son savoir-faire et qu'elle n'investirait pas dans la région d'implantation de MUS. Se fondant sur les propres déclarations du recourant, le TPF a relevé qu'il avait parfaitement conscience de sa bonne réputation auprès du public et des autorités tchèques ainsi que du fait que son nom apportait du crédit à l'ensemble de l'affaire, ce qu'avait d'ailleurs cherché les personnes avec qui il avait signé le contrat de portage. En outre, le TPF a indiqué que le recourant savait que l'ensemble de ces éléments allaient inciter l'Etat tchèque à vendre sa part de MUS. Le recourant ne conteste pas ces éléments qui n'apparaissent au demeurant pas critiquables.
S'agissant de l'origine illicite des fonds ayant servi à l'acquisition de la moitié des actions MUS et devant servir à l'acquisition de la part de 46,29% appartenant à l'Etat tchèque, le TPF a retenu que le recourant n'avait posé aucune question sur la source des moyens financiers des personnes avec qui il avait signé le contrat de portage (pas plus d'ailleurs qu'il n'en avait posé sur leurs motivations et les raisons pour lesquelles ils ne voulaient pas apparaître officiellement comme les acquéreurs de la part de l'Etat tchèque). Le recourant avait par ailleurs déclaré qu'au moment de la signature du contrat de portage, il avait eu deux préoccupations, l'une étant que ce contrat ne serve pas à cacher une origine illégale des fonds, l'autre étant qu'il n'y ait pas de corruptions de dirigeants tchèques. Il s'était contenté des assurances orales de V._ et de G._ à ce sujet. Il avait également admis que le fait de cacher que les propriétaires de MUS étaient des ressortissants tchèques avait pour but de ne pas susciter des questions, en particulier d'éviter qu'une enquête sur l'origine des fonds ne soit menée. Le TPF a ainsi retenu que le recourant s'était désintéressé des réelles motivations et moyens de ses mandants, ne posant aucune question. Un tel désintérêt était injustifiable au vu de ses qualifications et des prestations fournies. Dès lors s'il ne pouvait être retenu que le recourant " savait ", il devait à tout le moins envisager que le contrat de portage servait à dissimuler une activité illégale. Au vu des éléments retenus, le TPF pouvait en déduire que le recourant avait consciemment renoncé à connaître l'origine des fonds ayant servi et devant servir à l'acquisition des actions MUS. Alors que le recourant avait des doutes quant à cette origine (vu ses questionnements au moment de la signature du contrat et le fait qu'il avait admis qu'en se dissimulant derrière E._1, les acquéreurs cherchaient à éviter une enquête sur cette origine), il a consciemment décidé de ne pas savoir. Le fait qu'il n'ait posé aucune question, malgré sa formation et sa longue expérience professionnelle et alors qu'il avait des doutes, démontre qu'il tenait pour possible la conclusion d'affaires illicites.
Au vu de ce qui précède, le TPF pouvait retenir que le recourant avait conscience de participer à un édifice de mensonges, c'est-à-dire à une tromperie astucieuse, visant à déterminer l'Etat tchèque à vendre sa part de 46,29% des actions MUS.
En revanche, s'agissant de l'élément constitutif du dommage, le TPF se contente d'affirmer que le recourant avait " tenu pour possible que la vente de cette participation de 46,29% à PP._ au prix de 650'000'000 CZK cause à la République tchèque un dommage patrimonial considérable à la plus grande entreprise minière du pays, définie par le recourant lui-même comme " un joyau de la structure industrielle du pays ", et procurait aux ayants droit économiques de PP._ l'enrichissement illégitime correspondant ". Cette motivation, outre qu'elle semble sous-entendre que MUS aurait également subi un dommage du fait de l'escroquerie, ne permet pas de comprendre sur quels éléments le TPF s'est fondé pour retenir que le recourant avait conscience que la vente des actions MUS causerait un dommage à la République tchèque.
Enfin, la motivation du TPF ne porte pas sur la volonté du recourant. Ainsi, le TPF se contente d'affirmer que le recourant devait " envisager que ces agissements s'inscrivent dans le cadre de la commission d'une escroquerie au préjudice de la République tchèque et s'en était accommodé ". Dès lors, la motivation du TPF ne permet pas de comprendre sur quels éléments il s'est fondé pour retenir que le recourant s'était accommodé de la réalisation de l'infraction. En particulier, il n'examine pas quel éventuel devoir de prudence le recourant aurait violé, la gravité de cette violation, la probabilité, connue du recourant, de la réalisation du risque de résultat dommageable, ses mobiles et la manière dont il a agi, ou tout autre éventuel élément extérieur révélateur de l'état d'esprit du recourant. La motivation du TPF n'est pas suffisante pour vérifier la bonne application du droit fédéral si bien que le jugement attaqué devra être annulé en ce qui concerne la condamnation du recourant pour escroquerie et la cause renvoyée au TPF pour qu'il réexamine la réalisation de l'élément subjectif.
5.
Vu le sort du recours, les griefs du recourant portant sur le prononcé à son encontre de la créance compensatrice et sa requête tendant à l'allocation d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure au sens de l'<ref-law> et d'une indemnité pour tort moral d'un franc symbolique deviennent sans objet.
6.
Le recours doit être partiellement admis (cf. infra consid. 4.3), le jugement entrepris annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Pour le surplus, il doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, succombant sur plusieurs aspects déterminants, doit supporter une partie des frais judiciaires (<ref-law>). Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduits à la charge de la Confédération (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Le conseil du recourant a produit une liste d'opérations. En l'espèce, nombre de griefs formulés sont irrecevables et n'étaient pas nécessaires pour l'issue du recours. Au regard néanmoins de la complexité de la cause, un montant de 4'000 fr. sera accordé à titre de dépens.
La cause étant ainsi jugée, la requête d'effet suspensif est sans objet.

rulings:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée au Tribunal pénal fédéral pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera au recourant une indemnité de 4000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, aux coprévenus et aux tiers ayant saisi le Tribunal fédéral.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet