@Override
    public void initializeDefaultPreferences() {
        // Init default preferences
        DBPPreferenceStore store = DBWorkbench.getPlatform().getPreferenceStore();

        // Navigator
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_EXPAND_ON_CONNECT, false);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_RESTORE_FILTER, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_RESTORE_STATE_DEPTH, 0);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_COLOR_ALL_NODES, false);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SYNC_EDITOR_DATASOURCE, false);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_REFRESH_EDITORS_ON_OPEN, false);

        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_GROUP_BY_DRIVER, false);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_EDITOR_SHOW_TABLE_GRID, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_OBJECT_DOUBLE_CLICK, NavigatorPreferences.DoubleClickBehavior.EDIT.name());
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_CONNECTION_DOUBLE_CLICK, NavigatorPreferences.DoubleClickBehavior.EXPAND.name());
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_DEFAULT_EDITOR_PAGE, "");
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_SQL_PREVIEW, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_OBJECT_TIPS, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_LONG_LIST_FETCH_SIZE, 5000);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_STATISTICS_INFO, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_CONNECTION_HOST_NAME, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_OBJECTS_DESCRIPTION, false);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_NODE_ACTIONS, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.ENTITY_EDITOR_DETACH_INFO, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_CHILD_COUNT, false);

        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_TOOLTIPS, true);
        PrefUtils.setDefaultPreferenceValue(store, NavigatorPreferences.NAVIGATOR_SHOW_CONTENTS_IN_TOOLTIP, false);
    }
Preference initializer.
Note: in order to active this class we have to initiate preferences in activator (see UINavigatorActivator class)
plugins/org.jkiss.dbeaver.ui.navigator/src/org/jkiss/dbeaver/ui/internal/UINavigatorPreferencesInitializer.java